Le conseil se réunit en principe au moins une fois par semaine sur convocation de son président. En cas d'empêchement du président, la réunion se tient sous la présidence du conseiller présent le plus âgé.

La convocation du conseil est de droit à la demande d'au moins trois conseillers. Cette demande est adressée au président du conseil et doit être accompagnée d'un ordre du jour. La réunion se tient dans un délai maximal de trois jours.

Chaque conseiller peut faire inscrire une ou plusieurs questions à l'ordre du jour. Il en informe le président ou le directeur général en temps utile. Dans la mesure du possible, il communique à cet effet au secrétariat du collège les éléments d'information nécessaires à la délibération.
L'ordre du jour est arrêté par le président sur proposition du directeur général. Sauf cas d'urgence, il est transmis aux conseillers quatre jours au moins avant la séance. Il comporte une rubrique « questions diverses ».
Les dossiers de la séance, qui contiennent notamment les projets de délibération, sont préparés sous la responsabilité du directeur général. Sauf cas d'urgence, ils sont transmis aux conseillers vingt-quatre heures au moins avant la séance.

Les dossiers soumis à la délibération du conseil sont, dans la mesure du possible, examinés préalablement en groupe de travail. Ils sont rapportés en assemblée plénière par le président du groupe de travail ou son suppléant.
Le secrétariat du collège tient le calendrier des travaux de ces groupes.

Le conseil ne peut délibérer que si au moins six conseillers sont présents. Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des conseillers présents ; en cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le vote à bulletins secrets est de droit à la demande d'un conseiller. En cas de partage égal des voix, la délibération n'est pas adoptée.

Les décisions prévues aux articles 47-1 à 47-5 et à l'article 50 de la loi du 30 septembre 1986 font l'objet d'un vote à bulletins secrets. Elles sont acquises dès lors qu'un candidat recueille au moins cinq voix.
Si la décision n'est pas acquise après deux tours de scrutin, un nouveau vote a lieu sur les deux candidatures ayant obtenu le plus de voix au deuxième tour.
Si, du fait des ex aequo, plus de deux candidats arrivent en tête au deuxième tour de scrutin, il est procédé à autant de tours de scrutin qu'il en faut pour que le vote définitif puisse avoir lieu dans les conditions prévues à l'alinéa précédent.

Le directeur général assiste aux délibérations du conseil. Il peut s'adjoindre les agents dont la présence est utile à l'information du conseil.
Conformément à l'article 11 du décret du 26 juillet 1989 susvisé, le conseil peut, à la demande d'un membre et s'il le juge utile, décider de siéger à huis clos.

Le conseil procède aux auditions qui lui paraissent utiles.
Pour les auditions prévues aux articles 28-1, 42-7 et 48-6 de la loi du 30 septembre 1986, le conseil peut, lorsque cela est matériellement possible et à la demande de la personne concernée, l'entendre par des moyens de visioconférence ou de télécommunication permettant son identification et son audition effective.

Le président signe les actes et correspondances délibérés par le conseil.

Les conseillers sont tenus informés quotidiennement des arrivées et hebdomadairement des départs du courrier par la mise à disposition d'une synthèse. Ils peuvent avoir accès à tout courrier.

Le conseil est informé des missions de chaque conseiller et de celles des membres des services.

Dès son entrée en fonction, chaque conseiller signe une déclaration sur l'honneur attestant qu'il a pris connaissance des obligations et interdictions posées en application des dispositions de l'article 5 de la loi du 30 septembre 1986 et qu'il est en conformité avec les dispositions des deux premiers alinéas de cet article, ou qu'il se mettra en conformité avec elles dans un délai de trois mois.
A chaque date anniversaire de son entrée en fonction, chaque conseiller renouvelle la déclaration sur l'honneur attestant qu'il est en conformité avec lesdites dispositions.