Le régime financier et comptable des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, est applicable à l'établissement sous réserve des dispositions particulières prévues par le présent décret.

Le conseil d'administration peut donner délégation au directeur pour procéder, dans la limite des dépenses de la section de fonctionnement et après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier, à des virements de crédits entre chapitres de dépenses de matériel.

Le directeur rend compte des décisions budgétaires modificatives prises dans ce cadre à la prochaine séance du conseil d'administration.

L'école est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités du contrôle sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'enseignement supérieur.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget.

Sur décision du directeur de l'école, l'agent comptable peut exercer les fonctions de chef des services financiers de l'établissement.