La formation ainsi que les modalités de sa mise en oeuvre sont définies en annexe de chacun des arrêtés créant une option du certificat d'aptitude professionnelle agricole.
Elle est organisée en modules et structurée en trois groupes :

• des modules d'enseignement général communs à toutes les options ;
• des modules d'enseignement professionnel, propres à l'option ou à la spécialité ;
• un module facultatif de langues vivantes.

Le ministre chargé de l'agriculture fixe les modalités selon lesquelles un ou plusieurs modules d'approfondissement professionnel sont mis en oeuvre par chaque établissement, dans le cadre des modules d'enseignement professionnel.
La formation comporte, en outre, des périodes en milieu professionnel.

La préparation au diplôme du certificat d'aptitude professionnelle agricole peut être associée à celle conduisant au brevet d'études professionnelles agricoles. Dans ce cas, un arrêté du ministre chargé de l'agriculture fixe les modalités selon lesquelles certaines épreuves peuvent permettre l'évaluation en vue de la délivrance de l'un et l'autre diplôme.

Le diplôme est délivré à la suite d'un examen public, organisé sous la forme d'épreuves qui visent à valider les acquis du candidat par rapport à tout ou partie du référentiel du diplôme. Cet examen comporte une épreuve par module.
La liste, la nature et la durée des épreuves sont définies par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
L'examen conduisant à la délivrance du certificat d'aptitude professionnelle agricole est organisé dans le cadre régional ou interrégional sous l'autorité du directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt , en une session annuelle, selon des modalités fixées par le ministre chargé de l'agriculture.
Cependant, des épreuves terminales de remplacement peuvent être organisées à l'intention des candidats régulièrement inscrits à la session normale et empêchés de s'y présenter, soit pour raison de santé dûment constatée, soit pour obligations militaires dûment certifiées, soit pour cause de force majeure laissée à l'appréciation du directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt .

Pour les candidats des établissements visés aux 1, 2 et 3 du b de l'article 4 du présent décret, la note de chaque épreuve prend en compte les résultats du contrôle en cours de formation.
La disposition ci-dessus s'applique également aux candidats des établissements préparant au diplôme par la voie de la formation professionnelle continue ou de l'apprentissage, à condition que ces établissements obtiennent au préalable une habilitation. Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les conditions dans lesquelles cette habilitation est délivrée et, le cas échéant, retirée.

Le contrôle en cours de formation s'effectue selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Outre les candidats des établissements n'ayant pas obtenu une habilitation et ceux visés à l'article 8, ne peut bénéficier du contrôle en cours de formation :
1. Le candidat ayant suivi un enseignement à distance ;
2. Le candidat ajourné non redoublant, pour les épreuves dont il a choisi de ne pas conserver les résultats acquis à la précédente session ;
3. Le candidat ajourné et redoublant dans un établissement non habilité ;
4. Le candidat ajourné et redoublant n'ayant pas bénéficié du contrôle en cours de formation lors de sa formation précédente ;
5. Le candidat n'ayant pas bénéficié du contrôle en cours de formation pendant l'une des années d'un cycle de formation de deux ans.

Les candidats visés aux articles 6, 7 et 8 du présent décret peuvent être dispensés, sur leur demande, de l'épreuve pratique d'éducation physique.
Les candidats visés aux articles 4 et 5 qui ne peuvent pas subir l'épreuve pratique d'éducation physique et sportive pour une raison de santé en sont dispensés à condition de produire un certificat délivré par un médecin concourant à l'exercice des tâches médico-scolaires.

Le jury présidé par un fonctionnaire de catégorie A, membre de l'enseignement agricole public, est désigné par le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt , organisateur de l'examen. Il peut opérer en commissions. Il est souverain dans ses évaluations et délibérations, dans le cadre de la réglementation en vigueur.
Le jury est composé, pour moitié au moins, d'enseignants des établissements agricoles publics ou privés justifiant des titres ou diplômes requis pour enseigner dans une section préparant au certificat d'aptitude professionnelle agricole et, pour moitié au maximum, d'employeurs et de salariés des professions concernées.
En aucun cas, le jury ne peut comprendre moins de la moitié d'agents rémunérés par l'Etat.
Si l'une de ces proportions n'est pas atteinte à la suite de l'absence d'un ou plusieurs de ses membres, le jury pourra néanmoins délibérer valablement.
Un jury peut être commun à plusieurs options du certificat d'aptitude professionnelle agricole. Lorsque l'arrêté créant l'option prévoit que la préparation de ce diplôme est associée à celle du brevet d'études professionnelles agricoles, le certificat d'aptitude professionnelle agricole est délivré par le jury du brevet d'études professionnelles agricoles.

A l'issue de l'examen, le jury délibère en prenant en compte les notes obtenues aux épreuves et les livrets scolaires ou de formation des candidats présentant les résultats et l'avis de l'équipe pédagogique.
Le total des notes coefficientées des épreuves correspondant aux modules d'enseignement général et aux modules d'enseignement professionnel est, le cas échéant, augmenté des points au-dessus de 10 sur 20 multipliés par 2 obtenus par les candidats à l'épreuve facultative.
Le diplôme est délivré si la note moyenne globale obtenue est égale ou supérieure à 10 sur 20. Si cette note est comprise entre 9 et 10 sur 20, le jury peut décider, au vu des résultats aux épreuves et du livret scolaire ou de formation du candidat, soit d'attribuer des points supplémentaires et déclarer le candidat admis, soit de l'ajourner.
Toutefois, est éliminatoire une note inférieure à 10 sur 20 obtenue à l'épreuve professionnelle :

• définie pour les élèves bénéficiant du contrôle en cours de formation par la note finale intégrant la note obtenue à l'épreuve terminale ponctuelle et celle obtenue au contrôle en cours de formation ;
• définie pour les élèves ne bénéficiant pas du contrôle en cours de formation par la note obtenue à l'épreuve terminale ponctuelle.

Un candidat ayant fourni un livret scolaire ou de formation ne peut être ajourné sans que le jury ait examiné celui-ci. La mention de cet examen est portée sur le livret sous la signature du président.
Les candidats ajournés reçoivent, s'ils ont obtenu pour l'ensemble des épreuves une moyenne générale au moins égale à 8 sur 20, un certificat de fin d'études professionnelles agricoles.

Un candidat ajourné redoublant peut conserver le bénéfice des notes obtenues aux épreuves de l'examen, sous réserve que ces notes soient égales ou supérieures à 10 sur 20.
Un candidat ajourné non redoublant peut, sur sa demande, conserver pendant les trois sessions suivant sa première candidature le bénéfice des notes obtenues aux épreuves de l'examen.
Les notes obtenues lors d'une nouvelle session se substituent à celles attribuées précédemment aux épreuves correspondantes.

Les candidats déjà titulaires d'un certificat d'aptitude professionnelle agricole ou d'un certificat d'aptitude professionnelle ainsi que ceux ayant suivi une scolarité complète de la classe de seconde générale et technologique ou de la classe terminale du brevet d'études professionnelles agricole ou du brevet d'études professionnelles sont dispensés des épreuves correspondant aux modules d'enseignement général et d'enseignement facultatif.