L'école est dirigée par un directeur, assisté d'un secrétaire général, d'un directeur des études et d'un directeur de la recherche. Elle est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique.

Le directeur de l'école est nommé pour une durée de trois ans par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration. Il est choisi parmi les personnes qui ont vocation à enseigner à l'école. Son mandat est renouvelable deux fois.

Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du directeur. Sous l'autorité du directeur, il est chargé de la gestion de l'établissement.

Le directeur des études et le directeur de la recherche sont nommés par le directeur, après avis du conseil d'administration, parmi les personnels ayant vocation à enseigner à l'école.

Le conseil d'administration de l'Ecole nationale supérieure de la nature et du paysage comprend dix-huit membres :

1° Quatre membres de droit :

- le président du conseil régional de la région Centre ou son représentant ;

- le président du conseil général du département de Loir-et-Cher ou son représentant ;

- le président de la communauté d'agglomération de Blois ou son représentant ;

- le président de l'université de Tours ou son représentant.

2° Cinq personnalités extérieures représentant les professions correspondant aux domaines de formation de l'école, nommées par le recteur de l'académie d'Orléans-Tours.

3° Neuf membres élus :

- deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

- deux représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

- deux représentants des autres personnels enseignants ;

- un représentant des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service ;

- deux représentants des usagers.

Le conseil d'administration élit au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, un président parmi les personnalités extérieures membres du conseil.L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président. En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire, à l'initiative du président, du directeur ou à la demande de la moitié au moins de ses membres. L'ordre du jour, établi par le président en accord avec le directeur, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.

En cas d'empêchement, les membres du conseil d'administration peuvent donner procuration à un membre du conseil appartenant à la même catégorie. Nul ne peut détenir plus d'une procuration.

Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.

Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire et du règlement intérieur qui sont adoptées à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.

En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Un procès-verbal de chaque séance, signé par le président, est adressé dans les quinze jours au recteur de l'académie d'Orléans-Tours.

Le recteur de l'académie d'Orléans-Tours assiste ou se fait représenter aux séances du conseil.

Le directeur de l'école, le secrétaire général, l'agent comptable et le contrôleur budgétaire assistent aux séances avec voix consultative.

Le conseil d'administration peut inviter à assister aux séances, avec voix consultative, toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil scientifique comprend onze membres :

1° Le directeur de l'école, président ;

2° Quatre personnalités nommées par le recteur de l'académie d'Orléans-Tours, en raison de leurs compétences dans les domaines de formation de l'école ;

3° Six membres élus :

- deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

- deux représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;

- un représentant des autres personnels enseignants ;

- un représentant des usagers.

Les modalités de fonctionnement de ce conseil sont précisées par le règlement intérieur.

Sont électeurs et éligibles :

1° Les personnels enseignants-chercheurs et enseignants assurant au moins quarante heures annuelles d'enseignement à l'école ;

2° Les étudiants régulièrement inscrits et les personnes bénéficiant de la formation continue ;

3° Les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service affectés à l'établissement et y effectuant un service au moins égal à une mi-temps.

Les représentants des personnels et des usagers sont élus au scrutin de liste à la représentation proportionnelle au plus fort reste, sans panachage ni liste incomplète. Cependant, lorsqu’un seul siège est à pourvoir dans un collège, le représentant est élu au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, le premier tour à la majorité absolue, le second à la majorité relative. En cas d’égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
Le règlement intérieur de l’établissement fixe les modalités d’application de ces dispositions.

Les membres des conseils sont élus ou nommés pour une durée de trois ans, à l'exception des représentants des étudiants et des stagiaires de formation continue dont le mandat est de deux ans.

Le mandat des membres des conseils cesse de plein droit lorsque ceux-ci perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.

En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, les membres des conseils sont remplacés dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir, si la vacance intervient six mois au moins avant le terme normal du mandat.