L'école est dirigée par un directeur assisté d'un directeur des études et des stages, d'un directeur de la recherche et d'un secrétaire général. Elle est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique.

Le directeur est nommé par décret, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration. Son mandat est de cinq ans renouvelable une fois.

Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition du directeur de l'école.

Le directeur des études et des stages et le directeur de la recherche sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable par le directeur de l'école, après avis du conseil d'administration. L'avis du conseil scientifique est préalablement requis pour la nomination du directeur de la recherche.

Le conseil d'administration comprend trente-deux membres :
1° Sept membres de droit :
a) Le directeur chargé des bibliothèques au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
b) Le directeur chargé du livre et de la lecture au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
c) Le directeur chargé des enseignements supérieurs ou son représentant ;
d) Le directeur chargé des personnels des bibliothèques au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
e) Le directeur de l'administration générale au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
f) Le directeur chargé de la fonction publique territoriale au ministère chargé de l'intérieur ou son représentant ;
g) Le directeur chargé de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant.
2° Neuf membres nommés en raison de leur compétence par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont quatre sur proposition du ministre chargé de la culture et un sur proposition du ministre chargé de l'intérieur.
3° Seize membres élus :
a) Deux représentants élus des professeurs des universités et des personnels d'enseignement et de recherche assimilés, conformément aux dispositions de l'article 3-1 A du décret du 18 janvier 1985 susvisé ;
b) Deux représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche à l'exclusion des personnels scientifiques des bibliothèques mentionnés au 5° de l'article 3-1 B du décret du 18 janvier 1985 susvisé ;
c) Quatre représentants élus des personnels scientifiques des bibliothèques ;
d) Six représentants des élèves, élus par des collèges distincts, dont deux représentants au titre des conservateurs de l'Etat, deux représentants au titre des conservateurs des collectivités territoriales, un représentant au titre des bibliothécaires et un représentant des élèves non fonctionnaires ;
e) Deux représentants élus des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé.
Chaque établissement public qui aura passé une convention avec l'école pourra être représenté, avec voix consultative, au conseil d'administration par une personne de son choix chaque fois qu'une question concernant l'exécution de cette convention sera à l'ordre du jour.
Le président du conseil scientifique, le directeur, le directeur des études et des stages, le directeur de la recherche, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux délibérations du conseil avec voix consultative.

Le conseil d'administration élit au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, et pour une durée de trois ans renouvelable une fois, un président et un vice-président parmi les membres du conseil nommés en raison de leur compétence par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Le vice-président remplace le président dans toutes ses obligations en cas d'empêchement de ce dernier.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui arrête l'ordre du jour.
En outre, le conseil peut être réuni en session extraordinaire sur un ordre du jour notifié au moins dix jours à l'avance, à la demande du président, du directeur ou de la moitié de ses membres en exercice.
Les séances du conseil ne sont pas publiques.
Les décisions du conseil font l'objet d'une publicité dans l'établissement, à l'exception des délibérations relatives aux personnes.

En cas d'empêchement, les membres du conseil d'administration autres que les membres de droit et les élèves peuvent donner procuration à un autre membre du conseil. Les élèves sont remplacés par leur suppléant élu dans les conditions prévues à l'article 16 ci-dessous. Aucun membre ne peut être porteur de plus de deux procurations.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la majorité au moins des membres ayant voix délibérative sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours et peut valablement siéger quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents ou représentés à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire, qui sont prises dans les conditions prévues par le décret du 22 janvier 1985 susvisé, du règlement intérieur et du règlement de scolarité qui sont adoptés à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil scientifique comprend vingt-quatre membres :
1° Douze personnalités qualifiées en raison de leurs compétences dans les domaines d'activité de l'établissement public, dont trois désignées par le conseil d'administration de l'école et neuf nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont quatre sur proposition du ministre chargé de la culture ;
2° Douze membres élus :
a) Deux représentants élus des professeurs des universités et des personnels d'enseignement et de recherche assimilés, conformément aux dispositions de l'article 3-1 A du décret du 18 janvier 1985 susvisé ;
b) Deux représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche, à l'exclusion des personnels scientifiques des bibliothèques mentionnés au 5° de l'article 3-1 B du décret du 18 janvier 1985 susvisé ;
c) Quatre représentants élus des personnels scientifiques des bibliothèques ;
d) Un représentant élu des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
e) Trois représentants des élèves, élus par des collèges distincts, dont un représentant au titre des conservateurs de l'Etat, un représentant au titre des conservateurs des collectivités territoriales et un représentant des élèves non fonctionnaires.
Le directeur, le directeur des études et des stages et le directeur de la recherche de l'école assistent aux délibérations du conseil avec voix consultative, sauf s'ils relèvent du 1° ci-dessus.
Tout établissement public ayant passé une convention avec l'école pourra être représenté, avec voix consultative, au conseil scientifique par une personne de son choix chaque fois qu'une question concernant l'exécution de cette convention figurera à l'ordre du jour.
Le conseil scientifique élit son président et son vice-président parmi les personnalités qualifiées extérieures à l'école, dans les conditions prévues à l'article 11. Le vice-président remplace le président en cas d'empêchement de celui-ci.

Le conseil scientifique se réunit au moins deux fois par an en session ordinaire. Il se réunit en session extraordinaire dans les mêmes conditions que le conseil d'administration.
En cas d'empêchement, les membres du conseil scientifique autres que les représentants des élèves peuvent donner procuration à un autre membre du conseil. Aucun membre ne peut être porteur de plus de deux procurations. Les élèves sont remplacés par leur suppléant élu dans les conditions prévues à l'article 16.
Le quorum est fixé dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article 13.
Les délibérations sont prises à la majorité absolue des membres présents ou représentés.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique les représentants des personnels et des élèves sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Pour les élèves, chaque candidat se présente avec un suppléant qui siège en cas d'empêchement du titulaire et le remplace en cas de vacance du siège.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les personnalités nommées en raison de leurs compétences sont désignées pour une période de trois années renouvelable une fois. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un nouveau membre est désigné dans les mêmes conditions que son prédécesseur.
Le mandat des membres élus des conseils est de trois ans, à l'exception des représentants des élèves, dont le mandat est d'un an.
Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Sous réserve des dispositions du deuxième alinéa de l'article 16, en cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, celui-ci est pourvu pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.

Les personnels affectés à l'école sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique au titre des personnels d'enseignement et de recherche dans le collège correspondant à leur grade.
Sont également électeurs et éligibles dans les mêmes conditions :
1° Les personnels assurant à l'école pendant l'année universitaire au moins quinze heures d'enseignement, s'ils en font la demande ;
2° Les personnels assurant leur activité de recherche à l'école en vertu d'une convention.
La liste des personnels mentionnés à l'alinéa précédent est communiquée chaque année par le directeur au conseil d'administration.

Il est institué, à l'initiative du recteur d'académie, une commission de contrôle des opérations électorales présidée par un membre en activité ou honoraire d'une juridiction administrative, désigné par le président de la cour administrative d'appel dans le ressort de laquelle l'école a son siège.
La commission est composée, outre son président, d'au moins deux assesseurs choisis par celui-ci et d'un représentant désigné par le recteur. Pour chacun des membres de la commission, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.
La commission de contrôle des opérations électorales arrête les listes électorales et fait procéder à leur affichage.
Elle peut faire procéder à l'inscription d'un électeur, à sa demande, y compris le jour du scrutin.
Elle vérifie l'éligibilité des candidats et peut demander qu'un autre candidat soit substitué au candidat inéligible.
Elle proclame les résultats du scrutin dans les cinq jours suivant la fin des opérations électorales.
La commission de contrôle des opérations électorales connaît de toutes les contestations présentées par les électeurs, par le directeur de l'école ou par le recteur, sur la préparation et le déroulement des opérations de vote ainsi que sur la proclamation des résultats du scrutin.
Elle est saisie au plus tard le cinquième jour suivant la proclamation des résultats. Elle doit statuer dans un délai de dix jours.
La commission de contrôle des opérations électorales peut notamment :
1° Constater l'inéligibilité d'un candidat ;
2° Rectifier, en cas d'erreur ou de fraude, le nombre de voix obtenues par les candidats ;
3° En cas d'irrégularité de nature à vicier le vote, annuler les opérations électorales du collège dans lequel l'irrégularité a été constatée.
Tout électeur, ainsi que le directeur de l'établissement et le recteur, peut invoquer l'irrégularité ou la nullité des opérations électorales devant le tribunal administratif du ressort.
Ce recours n'est recevable que s'il a été précédé d'un recours préalable devant la commission de contrôle des opérations électorales.
Le tribunal administratif doit être saisi au plus tard le dixième jour suivant soit la décision de la commission de contrôle, soit l'expiration du délai dans lequel elle doit statuer.
Le tribunal administratif statue dans un délai d'un mois.