L'école est dirigée par un directeur, assisté de deux directeurs adjoints exerçant respectivement les fonctions de directeur des études et de directeur de la recherche. Elle est dotée d'un conseil d'administration et d'un conseil scientifique.

Le directeur est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à la commission prévue à l'article 7 ci-dessous un avis motivé sur trois candidatures qu'il a eu préalable retenues.
Le directeur est choisi parmi les professeurs d'université ou les personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au Conseil national des universités.
Le directeur est nommé pour une durée de cinq ans immédiatement renouvelable une fois.

La commission appelée à émettre un avis sur la nomination du directeur de l'école comprend dix-huit membres nommés par le ministre chargé de l'enseignement supérieur :
1° Huit présidents de section du comité national des universités relevant de disciplines correspondant aux missions de l'école.
2° Quatre représentants du Centre national de la recherche scientifique : le directeur général du centre, le directeur du département Mathématiques et physique de base, le directeur du département Chimie et le directeur du département Sciences de la vie ;
3° Quatre personnalités relevant respectivement des sections Mathématiques, Physique, Chimie et Sciences naturelles de l'Académie des sciences, sur proposition du secrétaire perpétuel compétent ;
4° Deux professeurs du Collège de France, sur proposition de l'administrateur du collège.

Les directeurs adjoints sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur après avis du directeur de l'école. Ils sont choisis parmi les catégories de personnels mentionnées au deuxième alinéa de l'article 6 ci-dessus.

Le conseil d'administration comprend trente membres :
1° Quinze personnalités nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur dont :
a) Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
b) Les présidents de deux universités choisis sur proposition du directeur, parmi les universités ayant conclu une convention de coopération avec l'école ;
c) Une personnalité désignée sur proposition du président du conseil régional de la région Rhône-Alpes ;
d) Une personnalité désignée sur proposition du maire de Lyon ;
2° Six représentants élus des professeurs d'université et des personnels appartenant à des catégories assimilées, en application de l'article 5 du décret du 20 janvier 1987 précité ;
3° Quatre représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
4° Trois représentants élus des élèves ;
5° Deux représentants du personnels ingénieurs, administratifs, ouvriers et de service : un représentant des personnels appartenant à des corps de catégories A et B et des contractuels de même niveau et un représentant des autres personnels, élus par collèges distincts.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, parmi les membres nommés de ce conseil.
Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur assiste aux séances du conseil.
Le directeur et les directeurs adjoints siègent au conseil d'administration avec voix consultative. Le directeur est accompagné de ses collaborateurs, et notamment, du secrétaire général et de l'agent comptable.

Le conseil d'administration est réuni, à l'initiative et sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il peut se réunir également, sur convocation de son président, à la demande du directeur de l'école ou des deux tiers de ses membres.
Il ne peut valablement délibérer que si la majorité au moins des membres ayant voix délibérative participe à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil scientifique comprend vingt-cinq membres :
1° Le directeur de l'école et les directeurs adjoints, membres de droit ;
2° Treize personnalités extérieures à l'école, choisies en raison de leur compétence dans le domaine scientifique et nommées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, dont :
a) Trois sur proposition du directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
b) Une sur proposition du directeur de l'Institut national de la santé et de a recherche médicale ;
c) Deux sur proposition respectivement de chacun des présidents des universités mentionnées au b du 1° de l'article 9 ci-dessus ;
3° Quatre représentants élus des professeurs d'université ou personnels assimilés dans les conditions prévues au 2° de l'article 9 ci-dessus ;
4° Trois représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
5° Un représentant élu des ingénieurs de recherche ;
6° Un représentant élu des élèves.
Le président du conseil scientifique est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur parmi les personnalités extérieures du conseil.

Le directeur peut recueillir l'avis d'une commission des études qu'il préside et qui comprend, dans des conditions définies par le règlement intérieur de l'école, des représentants des personnels d'enseignement et de recherche et des élèves et des membres de l'administration de l'école.

Les dispositions du décret n° 85-59 du 18 janvier 1985 fixant le régime électoral des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'école sous réserve des dérogations prévues ci-après.

Au conseil d'administration et au conseil scientifique, les représentants des personnels et des élèves sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue au suffrages exprimés au premier tour, à la maJorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.
Pour les élèves, chaque candidat se présente avec un suppléant qui siège en cas d'empêchement du titulaire et le remplace en cas de vacance du siège.

Sous réserve des dispositions de l'article 38 ci-dessous applicables pour la durée du premier mandat du conseil d'administration et du conseil scientifique, le règlement intérieur peut prévoir que les représentants des professeurs et assimilés sont élus par des collèges électoraux distincts, en fonction de leur spécialité. Il en est de même pour les représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche.
Sous les mêmes réserves, et pour les élections au conseil d'administration, le règlement intérieur peut prévoir que les représentants des élèves sont élus par des collèges électoraux distincts en fonction des sections dont ils relèvent ou des différentes années d'études.

Les personnels affectés à l'école sont électeurs et éligibles au conseil d'administration et au conseil scientifique au titre des personnels d'enseignement et de recherche, dans le collège correspondant à leur grade.
Sont également électeurs et éligibles, dans les mêmes conditions :
1° Les personnels assurant à l'école un nombre d'heures d'enseignement au moins égal à la moitié des obligations de service de référence, s'ils en font la demande ;
2° Les personnels assurant leurs activités de recherche à l'école, en vertu d'une convention.
La liste des personnels mentionnés à l'alinéa précédent est communiquée chaque année par le directeur au conseil d'administration.

Les élèves en cours de scolarité sont électeurs et éligibles au conseil d'administration. Au conseil scientifique, sont électeurs les élèves titulaires d'une maîtrise ou d'un diplôme équivalent, sont seuls éligibles les élèves titulaires de l'agrégation ou d'un diplôme d'études approfondies.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique est de trois ans, à l'exception des représentants des élèves, dont le mandat est d'un an.

Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont être élus ou nommés.
Sous réserve des dispositions du second alinéa de l'article 15, en cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, celui-ci est pourvu pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.