Les écoles nationales de la marine marchande sont soumises au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif, et notamment les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 et 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 ainsi que par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics. Elles sont en outre soumises au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935.

Les opérations financières de chaque établissement sont faites par le directeur ordonnateur et par un intendant agent comptable.

Les recettes du budget de l'école comprennent :
Les subventions de l'Etat ou des collectivités ;
Les versements et contributions des élèves ;
Le produit des travaux de formation, de recherche, d'études et d'essais effectués pour le compte de personnes de droit public ou privé ;
Les dons et legs ;
Le produit des aliénations, des immobilisations ;
Les revenus de biens meubles et immeubles ;
D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses du budget de l'école comprennent :
Les dépenses de personnel ;
Les dépenses de fonctionnement et d'équipement ;
D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

L'intendant agent comptable de l'école est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la marine marchande.

Dans le cas où un ou plusieurs navires d'entraînement sont attachés à une école, le ou les commandants peuvent être constitués régisseurs pour le compte de l'intendant agent comptable dans les conditions fixées au décret n° 64-486 du 28 mai 1964, modifié par le décret n° 71-153 du 22 février 1971.

Le décret n° 58-1035 du 28 octobre 1958 est abrogé.