Les écoles nationales de la marine marchande sont soumises au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif, et notamment les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 et 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 ainsi que par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics. Elles sont en outre soumises au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935.