La composition de la commission des travaux mixtes est fixée par décret en Conseil d'Etat, contre-signé par les ministres intéressés, sur le rapport du Premier ministre.
Le président et les membres sont nommés par décret sur rapport du Premier ministre. Les nominations sont faites pour une durée de cinq ans et sont renouvelables.

La commission des travaux mixtes siège au secrétariat général permanent de la défense nationale, elle se réunit sur convocation de son président.
En cas d'absence du président, elle désigne son président de séance.
La commission ne peut valablement délibérer que si plus de la moitié des membres civils et plus de la moitié des membres militaires sont présents, non compris le président de séance.
En cas de partage des voix, celle du président de séance est prépondérante.

Le secrétariat de la commission des travaux mixtes est assuré par le secrétariat général permanent de la défense nationale, dont l'un des officiers ou fonctionnaires est désigné comme secrétaire de la commission.
Le secrétaire n'a pas voie délibérative.

L'ordre du jour de chaque séance de la commission arrêté par le président est adressé, par les soins du secrétaire, à chacun des membres de la commission huit jours au moins avant la date de la séance.

Les dossiers des affaires dans lesquelles la commission est appelée à délibérer sont adressés dans le délai fixé à l'article 5 au président, avec un rapport exposant l'affaire aussi complètement que possible et mettant en lumière les thèses en présence.
Ces dossiers sont enregistrés par le secrétaire sur un registre spécial au fur et à mesure de leur arrivée.
Le président désigne un rapporteur parmi les membres de la commission et lui adresse le dossier.
Après examen sommaire par le rapporteur, la commission détermine toutes les mesures d'information qui lui paraissent nécessaires, les documents complémentaires à produire et les enquêtes complémentaires à effectuer. Elle fixe les dates auxquelles seront convoqués, soit par le rapporteur, soit par la commission elle-même, les représentants accrédités des administrations intéressées.
La commission délibère et arrête ses conclusions à huis clos.

La commission des travaux mixtes a pour attribution d'apprécier les différents intérêts en cause et de s'efforcer de les concilier en cas de désaccord entre les services représentant ces intérêts.

La commission émet un avis motivé qui est transmis au secrétariat général permanent de la défense nationale dans le délai d'un mois, à compter du jour où la commission a été saisie.
Au vu de l'avis contenant les conclusions de la commission, il est statué par décret en Conseil d'Etat pris sur le rapport des ministres intéressés.

Les documents des archives de la commission ne peuvent être communiqués qu'aux administrations d'Etat et aux membres de la commission, sans déplacement du dossier.