La Régie est administrée par un conseil d'administration qui comprend quinze membres :

1° Cinq représentants de l'Etat :

a) Quatre nommés par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie ;

b) Un nommé par décret pris sur le rapport du ministre de l'intérieur ;

2° Quatre personnalités nommées par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie :

a) Trois personnalités choisies en fonction de leurs compétences dans le domaine des transports ou des politiques de déplacement ou issues des milieux socio-économiques ;

b) Un représentant des clients des transports collectifs ;

3° Un élu d'une commune ou d'un groupement de communes concernés par l'activité de la Régie ou de ses filiales, nommé par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé des collectivités territoriales ;

4° Cinq représentants des salariés élus dans les conditions prévues au chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée.

Le directeur général des infrastructures, des transports et des mobilités au ministère chargé des transports, ou son représentant, siège avec voix consultative au conseil d'administration, en qualité de commissaire du Gouvernement.

Siège également avec voix consultative le chef de la mission de contrôle économique et financier des transports ou son représentant.

Le président-directeur général est nommé par décret pris sur le rapport conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie. Son mandat est renouvelable.

Chaque représentant des salariés bénéficie pour l'exercice de son mandat d'administrateur d'un crédit d'heures égal à 50 p. 100 de la durée légale du travail.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit sur la convocation du président-directeur général aussi souvent que l'intérêt de la Régie l'exige et au moins six fois par an.
La convocation du conseil est faite cinq jours ouvrables au moins à l'avance par lettre, courrier électronique ou par tout support ou moyen dématérialisé. Elle mentionne l'ordre du jour et est accompagnée de tout document permettant aux administrateurs de participer utilement aux réunions. Si ce délai n'est pas respecté, le point ne peut être maintenu à l'ordre du jour qu'avec l'accord du commissaire du Gouvernement.
Le commissaire du Gouvernement peut provoquer une réunion du conseil d'administration. Il en est de même en cas de demande, sur un ordre du jour déterminé, d'un nombre de membres du conseil, fixé à au moins un tiers par l'article 8 de la loi du 26 juillet 1983 susvisée, en l'absence de réunion depuis plus de deux mois. La réunion du conseil se tient dans le mois qui suit la demande.
Lorsque les circonstances le justifient, les délibérations du conseil d'administration peuvent être adoptées par visioconférence ou par l'échange d'écrits dans les conditions prévues par l'ordonnance du 6 novembre 2014 et le décret du 26 décembre 2014 susvisés.

Lorsqu'il procède à la convocation du conseil d'administration, le président-directeur général arrête l'ordre du jour et le communique aux administrateurs, au commissaire du Gouvernement et au chef de la mission de contrôle économique et financier des transports.
Le commissaire du Gouvernement peut demander l'inscription à l'ordre du jour du conseil d'administration de toute question qu'il juge utile.
A l'initiative du président-directeur général, le conseil d'administration peut, s'il l'estime nécessaire et en fonction de l'ordre du jour, inviter des membres du personnel de la Régie ou des personnalités extérieures à celle-ci à assister aux séances du conseil d'administration sans voix délibérative.

Le président-directeur général préside les séances du conseil d'administration. En cas d'absence de sa part, le conseil désigne un président de séance.
Le conseil d'administration désigne un secrétaire pris en dehors de ses membres.
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans les conditions définies par le règlement intérieur prévu par l'article 9. Il délibère alors valablement lorsque le tiers au moins de ses membres en exercice est présent.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
Tout membre du conseil peut, par mandat spécial, déléguer à un autre administrateur la faculté de voter en ses lieu et place sur les objets portés à l'ordre du jour. Un membre ne peut disposer que d'un seul mandat.
Le commissaire du Gouvernement peut, dans les huit jours qui suivent toute délibération du conseil, demander un nouvel examen de la question débattue. Les délibérations du conseil ne deviennent exécutoires qu'à l'expiration de ce délai de huit jours, sauf si le commissaire du Gouvernement a donné son accord explicite avant l'expiration de ce délai.
Les délibérations du conseil sont signées par le président de séance. Les procès-verbaux des séances du conseil, auxquels sont annexées les délibérations, sont approuvés par le conseil en séance. Ils sont signés par le président de séance et le secrétaire du conseil.

Le conseil d'administration définit la politique générale de la Régie et détermine les orientations du groupe qu'elle constitue avec ses filiales.
A cette fin, le conseil délibère notamment sur :
1° La fixation du siège de la Régie ;
2° Les conventions d'exploitation et de gestion d'infrastructure ainsi que celles portant sur les missions de sécurité avec Ile-de-France Mobilités et leurs avenants ;
3° Les questions relatives au statut du personnel, dans les conditions définies à l'article 10 ;
4° Pour chaque exercice, les états prévisionnels des recettes et des dépenses, les comptes ainsi que les comptes consolidés du groupe que la Régie constitue avec ses filiales ;
5° Les projets d'investissement et de désinvestissement de la Régie ;
6° La stratégie de financement, le plafond et le montant annuel des emprunts à émettre ;
7° La conclusion des marchés publics que la Régie passe pour ses besoins en tant qu'entité adjudicatrice ;
8° Le déclassement des biens appartenant à la Régie, les acquisitions ou aliénations de tout bien immobilier, la délivrance des titres d'occupation ou des conventions de gestion du domaine public, les prises ou cessions à bail de tous biens immobiliers lorsque le bail a une durée supérieure à neuf ans ;
9° Les prises, extensions ou cessions de participations financières ;
10° Les actions judiciaires, transactions et désistements.
Le conseil peut déléguer au président-directeur général, dans les limites qu'il détermine, les attributions prévues aux 2°, 5° et 7° à 10°.

Le conseil d'administration adopte un règlement intérieur ayant pour objet de préciser son mode de fonctionnement ainsi que celui des comités ou commissions qu'il institue pour assurer le bon accomplissement de ses missions.
Le règlement intérieur définit notamment les modalités selon lesquelles est tenu un registre des réunions du conseil d'administration et celles relatives à la certification des copies ou extraits de procès-verbaux et des copies des délibérations. Il détermine également les modalités de prévention et de traitement des situations de conflits d'intérêts dans lesquelles les membres du conseil d'administration peuvent se trouver.

Par dérogation aux dispositions de l'avant-dernier alinéa de l'article 7, le statut du personnel de la Régie ne peut être modifié que par délibération du conseil d'administration de la Régie approuvée par les ministres chargés des transports, de l'économie et du budget et, pour les modifications relatives à la prise en charge de la maladie, la maternité, l'invalidité, le décès, les accidents du travail et les maladies professionnelles, par le ministre chargé de la sécurité sociale. La délibération ne devient exécutoire qu'après avoir reçu l'approbation de ces ministres.

Le président-directeur général met en œuvre la politique définie par le conseil d'administration et assure l'exécution de ses délibérations. Il assure la bonne marche de la Régie et dirige les services.
Il est responsable de la gestion économique et financière de l'établissement et du contrôle de cette gestion. Il agit, en toutes circonstances, au nom de l'établissement public et rend compte au conseil d'administration de sa gestion.
Le président-directeur général représente la Régie en justice, devant toute autorité administrative ou publique indépendante et dans tous les actes de la vie civile.
Il est en particulier compétent pour :
1° Convoquer le conseil d'administration dans les conditions fixées par les articles 5 et 6 ;
2° Conclure tous actes, transactions, ou conventions nécessaires à la bonne marche de l'établissement public, dans le respect des compétences du conseil d'administration définies à l'article 8 ;
3° Conclure tous marchés publics que la Régie passe pour ses besoins en tant qu'entité adjudicatrice, dans la limite des compétences du conseil d'administration et des délégations accordées par ce dernier, après avis, s'il y a lieu, de la commission des marchés prévue par l'article 13 ;
4° Décider la prise ou cession à bail de tous biens immobiliers lorsque le bail a une durée égale ou inférieure à neuf ans ;
5° Etablir l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et ses décisions modificatives et, après approbation du conseil d'administration, les exécuter ;
6° Diriger l'ensemble des services, recruter et gérer le personnel dans le cadre du statut de celui-ci.

Le président-directeur général peut déléguer une partie des pouvoirs qu'il détient au titre de l'article 11 ainsi que sa signature à un ou plusieurs agents de la Régie dans leur champ de compétences et d'attributions. Les délégataires peuvent déléguer une partie de ces pouvoirs aux agents placés sous leur autorité, dans leur champ de compétences et d'attributions, et autoriser ces derniers à en faire de même, dans les mêmes conditions.
Dans les matières qui lui ont été déléguées en application de l'article 8, le président-directeur général peut donner délégation de pouvoir ou de signature avec l'accord du conseil d'administration et selon les modalités fixées par celui-ci.
Les délégations de pouvoirs et de signature sont publiées au Bulletin officiel des actes de la RATP, mis en ligne sur le site internet de cette dernière, de façon permanente et gratuite dans des conditions propres à en garantir la fiabilité.

Pour les concours organisés par la Régie en application du code de la commande publique, la composition et les règles de fonctionnement du jury de concours de l'établissement sont fixées par le président-directeur général ou un agent habilité à cet effet.
Les marchés nécessaires à l'activité de la Régie sont soumis à une commission des marchés instituée par arrêté du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'économie dans les conditions définies par ce même arrêté.