L'institut est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des enseignants.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un secrétaire général. Un comité des directeurs d'école comprenant les directeurs des écoles internes et les directeurs des établissements associés en application de l'article 6 est constitué auprès du directeur général.

Le conseil d'administration comprend trente-deux membres :
1° Seize membres de droit ou nommés :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture et le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou leurs représentants ;
b) Le président-directeur général de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son représentant ;
c) Trois présidents d'universités dont le siège est situé dans les académies d'implantation des écoles internes et avec lesquelles l'institut est associé ou lié par une convention ou leurs représentants ;
d) Trois présidents de conseils d'écoles internes désignés conformément au règlement intérieur de l'institut ou leur représentant ;
e) Sept personnalités qualifiées représentatives des professions et des activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'institut, dont un directeur d'établissement public local d'enseignement et de formation professionnelle agricole, une personnalité désignée sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et une personnalité désignée sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
2° Seize membres élus :
a) Quatre représentants des professeurs et personnels assimilés ;
b) Quatre représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;
c) Quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels scientifiques ;
d) Quatre représentants des étudiants inscrits dans l'institut.
Les personnalités mentionnées aux c et e du 1° sont nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Les membres mentionnés au 2° disposent d'un suppléant.
En cas d'impossibilité de pourvoir l'un des sièges des collèges des membres mentionnés aux c et d du 1°, ce siège abonde, pour la durée de la mandature, l'effectif du collège des membres mentionnés au e.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les membres mentionnés au e du 1°. Le président du conseil d'administration organise et dirige ses travaux. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'institut. Il délibère notamment sur :
1° Le contrat d'objectifs et de performance et le projet d'établissement qui le met en œuvre ;
2° Le règlement intérieur de l'institut et le règlement des études ;
3° L'organisation interne de l'institut ;
4° La stratégie de l'enseignement, la stratégie de l'appui à l'enseignement technique, les créations de diplômes propres à l'institut et les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes ;
5° La stratégie de recherche et d'innovation de l'institut ;
6° Le budget initial et les budgets rectificatifs ;
7° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;
8° Le montant des droits de scolarité acquittés par les étudiants inscrits à une formation conduisant à la délivrance d'un diplôme propre de l'institut ou de ses écoles internes, les stagiaires de la formation continue et les auditeurs libres ; le montant des rémunérations pour services rendus ;
9° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;
10° Les contrats, conventions et marchés ;
11° La répartition des emplois au sein de l'institut, dont les écoles internes, sur proposition du directeur général ;
12° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;
13° La participation à toute forme de groupement public ou privé et la création de filiales ; la nomination de mandataires dans les conseils d'administration de ces filiales ;
14° Le principe de toute demande d'association, au sens de l'article L. 718-16 du code de l'éducation, et ses modalités ;
15° L'acceptation des dons et legs faits avec charges, condition ou affectation immobilière sous les réserves prévues à l'article L. 1121-2 du code général de la propriété des personnes publiques ;
16° Les emprunts ;
17° Les actions en justice et les transactions.
Il peut déléguer au directeur général de l'institut, dans les limites qu'il fixe, les compétences mentionnées aux 8°, 9°, 10°, 12° et 17°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des compétences ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration. Le conseil d'administration définit les conditions et les limites dans lesquelles le directeur général peut déléguer certaines de ses attributions aux directeurs d'école interne.
Le directeur général, les directeurs des écoles internes, le secrétaire général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable, ou leurs représentants, assistent aux réunions avec voix consultative.

Le directeur général est nommé par décret dans les conditions fixées par l'article 2 du décret du 8 avril 2010 susvisé et selon les modalités prévues par l'article R. 812-11 du code rural et de la pêche maritime.
Les fonctions de directeur général et de directeur d'école interne sont incompatibles.

Le directeur général assure le bon fonctionnement de l'institut et le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A cet effet, il exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
3° Il a autorité sur l'ensemble des personnels et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu ce pouvoir ;
4° Il décide de l'organisation et du fonctionnement des services et des services communs ainsi que de l'attribution des locaux ;
5° Il exerce les compétences dévolues au président d'université par le 5° de l'article L. 712-2 du code de l'éducation ;
6° Il conclut les contrats, conventions et marchés dont la passation a été autorisée par le conseil d'administration ;
7° Il assure le maintien de l'ordre et de la sécurité et peut faire appel à la force publique ;
8° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer une partie de ses attributions aux directeurs des écoles internes dans les limites et les conditions fixées par le conseil d'administration.
Il peut déléguer sa signature au secrétaire général de l'institut, aux directeurs des écoles internes et à des membres du personnel d'encadrement de l'institut, dans les limites de leurs attributions.

Chaque école interne est dirigée par un directeur assisté d'un secrétaire général.
Les directeurs des écoles internes assurent, sous l'autorité du directeur général, le bon fonctionnement de l'école et ils ont autorité sur les agents qui y sont affectés. A ce titre, ils sont responsables du maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'école. Ils peuvent subdéléguer leur signature à des membres du personnel d'encadrement de l'école, dans la limite de leurs attributions.
Chaque école interne dispose d'un conseil d'école qui adopte le budget propre intégré de l'école dans la limite des ressources allouées par l'institut ainsi que le règlement intérieur de l'école et le règlement de scolarité de chaque formation dans le respect des règles fixées respectivement par le règlement de l'institut et le règlement des études de l'institut. Il décide de la création, modification ou suppression de diplômes propres à l'école et il propose au conseil d'administration les accréditations de titres ou diplômes dont la formation est assurée par l'école.
Le conseil d'école rend des avis ou formule des propositions au conseil d'administration sur l'ensemble des sujets relatifs à la vie de l'école, contribue à l'élaboration des choix stratégiques de l'institut et fixe les orientations en matière d'enseignement, d'appui à l'enseignement technique, de recherche et d'innovation de l'école dans le cadre des stratégies de l'institut. Ce conseil est assisté d'une commission des enseignants, d'une commission de la recherche et de l'innovation et d'une commission de l'enseignement et de la vie étudiante.
Chaque conseil d'école comprend pour moitié des représentants élus des personnels et des étudiants. Les présidents des conseils d'école sont élus en leur sein parmi les membres extérieurs n'assurant pas la représentation de l'Etat. Ils disposent d'une voix prépondérante en cas de partage égal des voix.
L'institut peut participer au titre de ses écoles internes à des coordinations et regroupements mis en œuvre en application du chapitre VIII bis du titre Ier du livre VII du code de l'éducation.

Le conseil scientifique est composé de vingt-quatre membres :
1° Douze représentants élus des personnels et des étudiants dont :
a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ;
b) Trois représentants des maîtres de conférences et des autres personnes chargés d'enseignements ;
c) Trois représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
d) Trois représentants des étudiants préparant un doctorat sous la responsabilité d'un directeur de thèse de l'institut et dans une unité de recherche relevant de l'institut au sens de l'article L. 313-1 du code de la recherche ; ;
2° Douze personnalités qualifiées comprenant autant de femmes que d'hommes, désignées par le ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur général, en raison de leur compétence scientifique, professionnelle ou de leur implication dans les stratégies de recherche territoriales, dont trois personnalités désignées sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et trois personnalités désignées sur proposition du ministre chargé de la recherche.
Le conseil scientifique élit son président parmi les membres mentionnés au 2°. Le directeur général et les directeurs des écoles internes, ou leurs représentants, assistent aux réunions avec voix consultative.

Le conseil scientifique propose au conseil d'administration la stratégie de recherche et d'innovation conduite dans l'institut ou avec sa participation. Il donne son avis sur le projet de l'institut, sur la stratégie de l'appui à l'enseignement technique agricole et le règlement intérieur de l'institut pour les domaines relevant de sa compétence.

Il est informé et consulté sur les procédures et les bilans des évaluations des unités de recherche.

Il exerce les attributions relatives à la gestion des enseignants-chercheurs mentionnées dans le décret du 21 février 1992 susvisé dans les conditions prévues au dernier alinéa de son article 9.

Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur, sur la répartition des crédits budgétaires de recherche, sur la création ou la transformation d'unités de recherche et sur toute question relative aux formations. Il assure la liaison entre la recherche et l'enseignement. Ces attributions peuvent être déléguées à la commission de la recherche et de l'innovation de chaque école interne selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'institut.

Le conseil des enseignants est composé de vingt-cinq membres :
1° Le directeur général, ou son représentant ;
2° Douze représentants élus des professeurs et des personnels assimilés ;
3° Douze représentants élus des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement.
Il est présidé par le directeur général ou son représentant.
Les directeurs des écoles internes, ou leurs représentants, assistent aux réunions avec voix consultative.
Le conseil des enseignants peut être réuni en formation restreinte.

Le conseil des enseignants propose au conseil d'administration la stratégie de l'enseignement, ainsi que le règlement des études. Il donne son avis sur le projet de l'institut, sur la stratégie de l'appui à l'enseignement technique agricole, et le règlement intérieur de l'institut pour les domaines relevant de sa compétence.

Il est consulté sur les caractéristiques des emplois d'enseignant-chercheur.

Il exerce les attributions relatives à la gestion des intéressés mentionnées dans le décret du 21 février 1992 susvisé dans les conditions prévues au dernier alinéa de son article 9.

Le conseil des enseignants émet un avis sur les demandes d'accréditation ou sur les projets de création ou de modification de diplômes propres. Il est garant de la bonne organisation du contrôle et de la sanction des études. Ces attributions peuvent être déléguées à la commission des enseignants de chaque école interne selon des modalités fixées par le règlement statutaire de l'institut.

Il propose les mesures de nature à permettre l'orientation des étudiants et leur entrée dans la vie active et à favoriser les activités culturelles, sociales ou associatives qui leur sont offertes. Il propose également les améliorations à apporter aux conditions de vie, de sécurité et de travail et les mesures relatives aux activités de soutien aux œuvres sociales, aux services médicaux et sociaux, aux bibliothèques et aux centres de documentation. Ces attributions peuvent être déléguées à la commission des enseignants et à la commission de l'enseignement et de la vie étudiante de chaque école interne selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'institut.

Une commission constituée d'enseignants-chercheurs relevant du décret n° 84-431 du 6 juin 1984 fixant les dispositions statutaires communes applicables aux enseignants-chercheurs et portant statut particulier du corps des professeurs des universités et du corps des maîtres de conférences peut être constituée au sein d'une école interne afin d'exercer les attributions relatives à la gestion de ces personnels prévues par ce décret et de constituer en son sein une section, comprenant les deux collèges énumérés aux 1° et 2° de l'article R. 712-13 du code de l'éducation, chargée d'exercer à l'égard de ces personnels le pouvoir disciplinaire prévue par l'article L. 712-6-2 de ce même code et les textes pris pour son application.