Le régime financier et comptable de l'institut est fixé par les articles L. 719-4 à L. 719-6 et R. 719-51 et R. 719-51 à R. 719-109-1 du code de l'éducation à l'exception de la deuxième phrase du b de l'article R. 719-61.

La soutenabilité du budget au sens de l'article R. 719-61 du même code est appréciée par le ministre chargé de l'agriculture au regard d'une capacité d'autofinancement répondant aux besoins d'investissements, d'une évolution supportable de la masse salariale et d'un niveau de trésorerie non fléchée suffisant au bon fonctionnement de l'établissement.

Les écoles internes mentionnées à l'article 5 disposent d'un budget propre intégré au budget de l'institut. Les directeurs de ces écoles sont ordonnateurs secondaires pour les affaires qui relèvent de leur compétence.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget fixe le montant des droits de scolarité, autres que ceux mentionnés au 8° de l'article 9, acquittés par les étudiants ainsi que les conditions d'une exonération éventuelle.

L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget.