La durée de mandat des membres élus ou désignés du conseil d'administration, du conseil scientifique et du conseil des enseignants est de quatre ans renouvelable à compter de la date de la première réunion de ces conseils suivant leur désignation, à l'exception de celui des représentants des étudiants qui est d'un an. Les membres élus disposent d'un suppléant.
Les membres des instances doivent jouir de leurs droits civiques et civils.
Le mandat des membres des conseils de l'institut prend fin lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
Les représentants élus du personnel au conseil d'administration, au conseil scientifique et au conseil des enseignants sont, dans les conditions définies par le règlement intérieur de l'institut, membres de droit respectivement du conseil d'école, de la commission de la recherche et de l'innovation et de la commission des enseignants de l'école interne correspondant à leur circonscription.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, le membre sortant est remplacé par son suppléant pour la durée restante du mandat en cours. En l'absence de suppléant, un autre membre est nommé ou élu dans les mêmes conditions pour la durée restante du mandat en cours.
Le ministre chargé de l'agriculture peut proroger le mandat des membres des conseils une fois pour une durée maximale d'un an, sur proposition de leur président.
Les élections aux différents conseils ont lieu au scrutin de liste à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle de la plus forte moyenne. Toutefois, les élections des membres du conseil des enseignants et les élections visant à pourvoir un seul siège ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.
Les modalités d'organisation des élections au sein de l'institut sont fixées par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Les conseils se réunissent au moins deux fois par an sur convocation de leur président qui fixe l'ordre du jour. Ils sont également réunis, sur un ordre du jour déterminé, à la demande du ministre chargé de l'agriculture, du directeur général, ou de la moitié au moins de leurs membres.
L'ordre du jour des réunions et les documents s'y rapportant sont communiqués aux membres des conseils au moins huit jours à l'avance.
Le président et le directeur général peuvent inviter aux séances toute personne dont ils jugent la présence utile ou dont la présence leur est proposée par l'un des membres.

Sauf en matière budgétaire, les conseils ne peuvent valablement délibérer que si la moitié de leurs membres en exercice sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, ils sont à nouveau convoqués dans un délai maximum de quinze jours, avec le même ordre du jour, et peuvent alors délibérer quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Toutefois, les délibérations prévues aux articles 1er et 5 sont adoptées après avis conforme des conseils des écoles internes et les délibérations prévues aux 1° et au 2° de l'article 9 sont adoptées, en tant qu'elles les concernent, après avis des conseils des écoles internes.

Tout membre d'un conseil empêché d'assister à tout ou partie d'une séance peut donner procuration à un autre membre. Toutefois, les membres élus sont représentés par leur suppléant et ne donnent procuration qu'en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci. Aucun membre ne peut détenir plus de deux procurations.
Tout membre d'un conseil qui n'est pas présent ou représenté à trois séances consécutives est considéré comme démissionnaire et doit être remplacé dans les meilleurs délais.

Les membres des conseils exercent ces fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de séjour et de déplacement sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le règlement intérieur de l'institut précise les règles relatives à la composition et au fonctionnement des conseils des écoles internes et de la commission prévue à l'article 16-1.
En outre, il fixe notamment :
1° Les principes généraux d'organisation des écoles internes et les modalités du dialogue de gestion entre l'institut et ses écoles internes ;
2° Le périmètre des circonscriptions électorales et le nombre de sièges par circonscription afin d'assurer une représentation équilibrée des personnels et des étudiants de l'institut et de ses écoles internes au sein des différents conseils ;
3° Les règles de quorum des différents conseils, les modalités d'adoption des délibérations, les modalités de représentation des membres des conseils ainsi que les modalités de convocation d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils et les modalités selon lesquelles il est pourvu au remplacement du président en cas d'empêchement de celui-ci ;
4° Les conditions d'élection de leurs présidents et vice-présidents ;
5° Les règles de publicité des délibérations ;
6° La déontologie dans le respect des règles applicables aux agents de l'Etat ;
7° Les attributions consultatives des conseils d'écoles pour les affaires qui les concernent ;
8° Les modalités selon lesquelles le conseil des enseignants peut se réunir en formation restreinte aux enseignants-chercheurs ;
9° Il peut préciser les cas dans lesquels les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret, permettant l'identification des intervenants et assurant la participation effective de ceux-ci à une délibération collégiale, dans les conditions prévues par le décret du 26 décembre 2014 susvisé ;
10° Il peut prévoir que les avis ou propositions formulés, en application des articles 12,14,18,23,29,35-1 et 52 du décret du 21 février 1992 susvisé, par le conseil d'administration, le conseil scientifique et le conseil des enseignants, sont émis, selon leurs compétences respectives, par le conseil d'école, la commission de la recherche et de l'innovation ou la commission des enseignants mis en place au sein des écoles internes de l'institut.
Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.
Il peut également prévoir, pour les matières qu'il définit et en cas d'urgence avérée, les conditions dans lesquelles la délibération est prise après consultation écrite des membres, y compris par voie électronique, dans les conditions prévues par l'ordonnance du 6 novembre 2014 et le décret du 26 décembre 2014 susvisés. Le conseil d'administration est informé de ces décisions lors de sa plus prochaine séance.

Le règlement des études de l'institut fixe le cadre général des formations et détermine les conditions que doivent remplir les usagers pour la poursuite de leurs études et l'obtention des certificats ou des diplômes propres de l'institut.

Les étudiants reçoivent un diplôme comportant la dénomination de l'institut ainsi que, si le règlement des études le prévoit, celle de l'école interne dans laquelle ils suivent une formation.

Le règlement de scolarité de chaque école interne détermine, dans le respect du règlement des études, les conditions que doivent remplir les usagers pour la poursuite de leurs études et l'obtention des certificats ou des diplômes portant la dénomination de l'école, en application de l'alinéa précédent.