Les avis du Conseil national de la montagne sont rendus publics.
Le Conseil national de la montagne adopte un règlement intérieur qui fixe le nombre, la composition, les compétences et les règles de fonctionnement des commissions qu'il souhaite mettre en place, ainsi que les conditions dans lesquelles le conseil peut déléguer à la commission permanente ou à l'une de ses commissions le pouvoir de formuler un avis sur des objets limitativement précisés.
Le règlement intérieur peut en outre prévoir la création de groupes de travail spécialisés et temporaires ainsi que les modalités d'association aux travaux de personnalités et d'organismes extérieurs au conseil.

Le Conseil national de la montagne se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour, après avis du président de la commission permanente.
Il peut également être réuni à la demande des deux tiers de ses membres, dans la limite d'une fois par an.

Le Conseil national de la montagne comporte une commission permanente composée de vingt-trois membres ainsi répartis :
1° Dix membres désignés par le collège des élus ;
2° Quatre membres désignés par le collège des représentants des comités de massif ;
3° Six membres désignés par le collège des représentants des acteurs socio-économiques ;
4° Trois membres désignés par le collège des représentants d'associations et d'organismes gestionnaires de parcs nationaux et de parcs naturels régionaux.
Des membres suppléants sont désignés dans les mêmes conditions que les titulaires.
Après trois absences consécutives aux séances de la commission permanente, les membres titulaires sont considérés démissionnaires de la commission permanente.
La commission permanente est renouvelée dans le mois qui suit le renouvellement du Conseil national de la montagne.

La commission permanente prépare le programme de travail du Conseil national de la montagne. Elle est associée à la préparation de ses réunions et, à ce titre, peut proposer l'inscription de toute question à l'ordre du jour.
Elle assure le suivi des travaux du conseil et veille à la mise en œuvre des recommandations et des propositions qu'il émet.
Elle peut recevoir délégation du conseil pour délibérer sur toute question et notamment élaborer des avis ou recommandations.
La commission permanente rend compte de son activité au Conseil national de la montagne.

La commission permanente est réunie sur convocation de son président ou du président du Conseil national de la montagne ou sur demande d'au moins huit de ses membres représentant au moins deux collèges.

Le Conseil national de la montagne, sur proposition de sa commission permanente, peut créer en son sein, en tant que de besoin, des commissions spécialisées ou groupes de travail.
Les commissions spécialisées ou groupes de travail sont constitués de membres du Conseil national de la montagne et, le cas échéant, de représentants de l'Etat ou de ses établissements publics et de personnalités choisies en fonction de leur compétence et de leur qualification.
Les modalités de création, de désignation des membres et de fonctionnement des commissions spécialisées et des groupes de travail sont fixées par le règlement intérieur du conseil.

Le secrétariat du Conseil national de la montagne, de la commission permanente, des commissions spécialisées et des groupes de travail est assuré par l'Agence nationale de la cohésion des territoires.

Le Conseil national de la montagne est pris en charge, pour sa gestion, par le ministère chargé de l'aménagement du territoire.