La commission est saisie par le procureur de la République chargé du dossier, ou, le cas échéant, par le juge d'instruction qui en avise le procureur. Copie de la demande ainsi que des pièces qui l'accompagnent sont versées dans un dossier distinct du dossier de la procédure. Ce dossier est conservé par le procureur.

Dès réception de la demande, le président de la commission sollicite le service interministériel d'assistance technique aux fins d'instruction.
A cette fin :
― les personnes concernées par les mesures peuvent être entendues à tout moment ;
― toutes personnes utiles à la mission de la commission peuvent être requises et tous justificatifs utiles peuvent être demandés ;
― le procureur de la République ou le magistrat instructeur demandeurs peuvent être sollicités pour des précisions complémentaires.

Le service interministériel d'assistance technique rend compte de son instruction au président de la commission.
Celui-ci rejette les demandes qui ne remplissent pas les conditions tenant au champ d'application de la loi.

En cas d'urgence, le service interministériel d'assistance technique prend les mesures nécessaires et en informe sans délai le président de la commission.