Dans les conditions définies par le statut de l'établissement, il est tenu une comptabilité des engagements de dépenses.
Sous réserve des pouvoirs dévolus au conseil d'administration, l'ordonnateur et ses délégués ont seuls qualité pour procéder à l'engagement et au mandatement des dépenses de l'établissement.

Toutes les dépenses sont liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent.
Les dépenses de l'établissement sont réglées par le comptable sur ordre donné par l'ordonnateur ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions.
Lorsque l'ordonnateur d'un établissement public à caractère industriel et commercial d'une province ou constitué entre plusieurs provinces refuse d'émettre un ordre de dépense, le créancier peut se pourvoir devant le haut-commissaire de la République. Celui-ci procède, s'il y a lieu, au mandatement d'office dans la limite des crédits ouverts, si la mise en demeure qu'il a adressée à l'ordonnateur est restée sans effet à l'issue d'un délai d'un mois.

Le comptable peut payer certaines catégories de dépenses sans ordonnancement préalable et sous réserve que les crédits soient disponibles au budget, lorsque l'ordonnateur lui en fait la demande.
Les dépenses pouvant faire l'objet d'un paiement sans mandatement préalable sont les suivantes : les annuités d'emprunt, taxes et redevances de télécommunications, redevances de machines à affranchir, d'électricité et de commission sur cartes bancaires.

Lorsque le comptable a, en application de l'article 38 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, suspendu le paiement d'un mandat de dépense, l'ordonnateur peut, par écrit et sous sa responsabilité, requérir le comptable de payer.

Son ordre de réquisition est notifié sans délai par ses soins, d'une part, au haut-commissaire de la République, d'autre part, à la collectivité compétente, sous couvert du chef des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques en Nouvelle-Calédonie.

Le comptable défère sans délai à la réquisition. Il doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par :
― l'indisponibilité des crédits ;
― l'absence de justification de service fait ;
― le caractère non libératoire du règlement ;
― l'insuffisance des fonds disponibles ;
― l'absence du caractère exécutoire des actes.
En cas de refus de la réquisition, le comptable rend immédiatement compte au haut-commissaire de la République.

L'ordonnateur peut autoriser le comptable à régler certaines dépenses fixées par les statuts au moyen d'effets de commerce à échéance différée.

Les modalités générales de création et de fonctionnement des régies d'avances sont fixées dans les conditions prévues par les dispositions réglementaires en vigueur applicables en Nouvelle-Calédonie.
Les régisseurs d'avances sont nommés par le directeur sur avis conforme écrit du comptable dûment visé dans la décision de nomination.