Le congé de longue durée pour maladie est la situation du militaire, qui est placé, au terme de ses droits à congé de maladie, dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions pour l'une des affections suivantes :
1° Affections cancéreuses ;
2° Déficit immunitaire grave et acquis ;
3° Troubles mentaux et du comportement présentant une évolution prolongée et dont le retentissement professionnel ainsi que le traitement sont incompatibles avec le service.
Ce congé est attribué, sur demande ou d'office, dans les conditions fixées à l'article 55 de la loi du 24 mars 2005 susvisée, par décision du ministre de la défense, sur le fondement d'un certificat médical établi par un médecin ou un chirurgien des hôpitaux des armées, par périodes de trois à six mois renouvelables.

La décision mentionnée à l'article 25 précise si l'affection ouvrant droit à congé de longue durée pour maladie est survenue ou non du fait ou à l'occasion de l'exercice des fonctions ou à la suite de l'une des causes exceptionnelles prévues par les dispositions de l'article L. 27 du code des pensions civiles et militaires de retraite.
Lorsqu'il est établi que l'origine de l'affection du militaire placé en congé de longue durée pour maladie diffère de celle initialement retenue, la décision mentionnée au premier alinéa est modifiée.

Un comité supérieur médical, dont la composition, l'organisation et le fonctionnement sont fixés par arrêté du ministre de la défense, peut être consulté dans des cas litigieux ou de diagnostic difficile.

Le point de départ de la première période de congé de longue durée pour maladie est fixée au jour qui suit la date d'expiration des droits à congé de maladie.

Le point de départ des autres périodes est fixé au jour qui suit la date d'expiration de la période précédente.
Le militaire en congé de longue durée pour maladie ne peut reprendre le service à l'expiration ou au cours d'une période de congé que s'il est reconnu apte à la suite d'un examen médical pratiqué par un médecin ou un chirurgien des hôpitaux des armées.

Le militaire placé en congé de longue durée pour maladie perçoit la solde indiciaire, l'indemnité pour charges militaires, les primes et indemnités liées à la qualification ainsi que l'indemnité pour services aériens au taux n° 1 dans la limite des droits ouverts par l'exécution des épreuves de contrôle.
Il perçoit en outre la totalité des indemnités de résidence et pour charge de famille ainsi que, le cas échéant, la majoration de l'indemnité pour charges militaires.
Le refus dûment constaté de se soumettre à l'examen du médecin ou du chirurgien des hôpitaux des armées mentionnés à l'article 25 entraîne, pour le militaire placé en congé de longue durée pour maladie, la suspension du versement de sa rémunération.

Le militaire placé en congé de longue durée pour maladie peut exercer des activités prescrites et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation.
Dans cette situation, le montant du cumul éventuel des rémunérations perçues par le militaire ne peut être supérieur à celui de sa rémunération en position d'activité, à l'exception des primes et indemnités attachées à l'exercice effectif de l'emploi.

Le militaire placé en congé de longue durée pour maladie, qui a repris son service sans avoir épuisé la totalité de ses droits à congé, peut bénéficier, pour la même affection, de nouvelles périodes de congé dans les limites de la durée maximale fixée à l'article 55 de la loi du 24 mars 2005 susvisée.
L'intégralité des droits à congé de longue durée pour maladie est ouverte en cas de survenance au cours de ce congé d'une nouvelle affection distincte de celle ayant entraîné le congé initial.

Le militaire ayant bénéficié de la totalité de ses droits à congés de longue durée pour maladie est, s'il demeure dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, radié des cadres ou rayé des contrôles pour réforme définitive après avis de la commission mentionnée au 4° de l'article 74 de la loi du 24 mars 2005 susvisée.
Toutefois, il est placé, sur sa demande, en congé pour convenances personnelles pour une durée maximale de deux ans renouvelable une fois à l'issue duquel, s'il demeure dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, les dispositions de l'alinéa précédent lui sont applicables.

A l'issue ou au cours de l'une des périodes du congé de longue durée pour maladie, le militaire peut demander à mettre fin à ce congé et à être présenté devant la commission de réforme prévue au 4° de l'article 74 de la même loi.
La décision de présentation devant la commission de réforme est prise par le ministre de la défense, après avis favorable du médecin prescripteur du congé ou, le cas échéant, du comité supérieur médical mentionné à l'article 27.