En entrepôt fiscal de produits énergétiques, la comptabilité matières mensuelle mentionnée à l'article 6 retrace, par carburant et par biocarburant :

-en entrée, les volumes de biocarburant, ainsi que les pièces justificatives ;

-en sortie, les volumes de biocarburants ventilés en fonction de leurs destinations, ainsi que les pièces justificatives.

La comptabilité matières est transmise au service des douanes contrôlant l'établissement, au plus tard le quinzième jour suivant le mois auquel elle se rapporte, accompagnée des certificats de mise à la consommation de biocarburant et des certificats d'acquisition émis au titre du mois considéré. Ces différents documents sont visés par le service des douanes.

Lorsqu'un redevable bénéficie d'un droit à diminution supérieur au taux de la taxe, au titre de la proportion de l'énergie issue des biocarburants qu'il a incorporés dans les carburants, il peut céder les quantités de biocarburants correspondant au droit excédentaire à un autre redevable. Cette cession de droits prend la forme d'un "certificat de cession". Ce certificat est transmis pour visa à l'administration des douanes avant de pouvoir être cédé à un redevable.