Les ressources de l'agence comprennent :
1° Les subventions de l'Etat et de ses établissements publics ;
2° Les revenus des prestations qu'elle facture ;
3° Les autres ressources propres ;
4° Les dons et legs.

L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre.
Le collège arrête le budget prévisionnel de l'agence chaque année avant le début de l'exercice. Le budget comporte la prévision des recettes attendues et des dépenses nécessitées par l'exercice des missions confiées à l'agence. Il peut être modifié en cours d'année. Il est présenté en équilibre sincère. Les crédits inscrits au budget sont limitatifs et appréciés au regard des dépenses de fonctionnement hors dépenses de personnel, des dépenses d'investissement et des dépenses de personnel. En cas de dégradation prévisible du résultat, le collège délibère dans les meilleurs délais sur une décision modificative du budget permettant le retour à l'équilibre.
En cas de désaccord du ministre chargé des sports ou du ministre chargé du budget sur le budget annuel, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées, jusqu'à ce que le collège ait de nouveau délibéré, sur la base des prévisions budgétaires de l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits affectés à des dépenses non renouvelables.

L'agence est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté conjoint des ministres chargés des sports et du budget. L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi du 23 février 1963 susvisée et du décret du 29 septembre 1964 susvisé.
Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'agence, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article 18 du présent décret et de toutes les autres recettes de l'agence, du paiement des dépenses et du maniement des fonds ainsi que des mouvements de comptes de disponibilités.
Avec l'accord du président de l'agence, l'agent comptable peut, sous son contrôle, confier la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'agence.
L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président de l'agence.

Les comptes de l'agence sont établis selon les règles du plan comptable général.
Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le président de l'agence après avis du collège et approuvées par le ministre chargé du budget.
Les taux d'amortissement et de dépréciation ainsi que les modalités de tenue des inventaires sont fixés par le règlement comptable et financier.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier est préparé par l'agent comptable et soumis par le président de l'agence au collège, qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par le collège. Il est transmis à la Cour des comptes par le président de l'agence, accompagné des délibérations du collège relatives au budget, à ses modifications et au compte financier et de tous les autres documents demandés par les ministres ou par la cour, dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.

L'agent comptable est tenu de faire diligence pour assurer le recouvrement de toutes les ressources de l'agence. Les recettes sont recouvrées par l'agent comptable soit spontanément, soit en exécution des instructions du président de l'agence.
L'agent comptable adresse aux débiteurs les factures correspondantes et reçoit leurs règlements. Tous les droits acquis au cours d'un exercice doivent être pris en compte au titre de cet exercice.

Lorsque les créances de l'agence, autres que la subvention de l'Etat mentionnée à l'article L. 3612-3 du code de la santé publique, n'ont pu être recouvrées à l'amiable, les poursuites sont conduites conformément aux usages du commerce ou peuvent faire l'objet d'états rendus exécutoires par le président de l'agence. Les états exécutoires peuvent être notifiés aux débiteurs par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Leur recouvrement est poursuivi jusqu'à opposition devant la juridiction compétente.

L'agent comptable procède aux poursuites. Celles-ci peuvent être suspendues à tout moment sur ordre écrit du président de l'agence si la créance est l'objet d'un litige. Le président suspend également les poursuites si, en accord avec l'agent comptable, il estime que la créance n'est pas recouvrable ou que l'octroi d'un délai par l'agent comptable est conforme à l'intérêt de l'agence.

Le président de l'agence peut décider, sur avis conforme de l'agent comptable :
1° Une remise gracieuse des créances de l'agence en cas de gêne des débiteurs ;
2° La remise totale ou partielle des majorations de retard ou des pénalités appliquées sur demande justifiée des débiteurs ;
3° Une admission en non-valeur des créances, en cas d'insolvabilité des débiteurs ou lorsque leurs créances ne sont pas recouvrables.
Le collège fixe le montant au-delà duquel l'une des remises mentionnées au 1° ou au 2° est soumise à son approbation.
Lorsque la remise gracieuse, totale ou partielle, concerne une dette de l'agent comptable, l'avis conforme prévu par l'article 8 du décret du 29 septembre 1964 susvisé relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés est rendu par le collège.

Toutes les dépenses doivent être liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent. Les dépenses de l'agence sont réglées par l'agent comptable sur ordre du président de l'agence ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions. L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée, apposée sur le mémoire, la facture ou toute pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'une ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.
L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable ou avant service fait certaines catégories de dépenses, dans les conditions prévues par le règlement comptable et financier.

La liste des pièces justificatives de recettes et de dépenses est préparée par l'agent comptable et proposée par le président de l'agence à l'agrément du ministre chargé du budget. En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le ministre chargé du budget peut autoriser ce dernier à pourvoir à leur remplacement. Les pièces justificatives sont conservées dans les archives de l'agent comptable pendant dix ans au moins à partir de la date de clôture de l'exercice auquel elles se rapportent.

L'agent comptable est tenu d'exercer :
1° En matière de recettes, le contrôle :
- de l'autorisation de percevoir les recettes ;
- de la mise en recouvrement des créances et de la régularité des réductions et des annulations des ordres de recettes, dans la limite des éléments dont il dispose ;
2° En matière de dépenses, le contrôle :
- de la qualité de l'ordonnateur ou de son délégué ;
- de la disponibilité des crédits ;
- de l'exacte imputation des dépenses aux chapitres qu'elles concernent selon leur nature ou leur objet ;
- de la validité de la créance dans les conditions prévues au 4° ;
- du caractère libératoire du règlement ;
3° En matière de patrimoine, le contrôle :
- de la conservation des droits, privilèges et hypothèques ;
- de la conservation des biens dont il tient la comptabilité matière ;
4° En ce qui concerne la validité de la créance, le contrôle :
- de la justification du service fait et de l'exactitude des calculs de liquidation ;
- de l'application des règles de prescription et de déchéance.
Lorsqu'il constate, à l'occasion des contrôles qu'il réalise, des irrégularités ou des inexactitudes dans les certifications délivrées par le président de l'agence, l'agent comptable suspend le paiement des dépenses. Il en informe le président.
Lorsque l'agent comptable a suspendu le paiement des dépenses, le président de l'agence peut, par écrit et sous sa responsabilité, requérir l'agent comptable de payer. Celui-ci défère à la réquisition et rend compte au ministre chargé du budget, qui transmet l'ordre de réquisition à la Cour des comptes.
Par dérogation aux dispositions du précédent alinéa, l'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par :
1° L'absence de justification du service fait ;
2° Le caractère non libératoire du règlement ;
3° Le manque de fonds disponibles.
Dans ce cas, l'agent comptable rend immédiatement compte au ministre chargé du budget.

Les comptes de l'agent comptable de l'agence sont jugés par la Cour des comptes. Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est également assuré par le receveur général des finances.

Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées auprès de l'agence par décision du président, sur avis conforme de l'agent comptable, dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les fonds de l'agence sont déposés et placés dans les conditions prévues par les articles 174 et 175 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.

L'agence est soumise aux dispositions du titre II de la loi du 3 janvier 1991 susvisée relative à la transparence et à la régularité des procédures de marchés et soumettant la passation de certains contrats à des règles de publicité et de mise en concurrence.