L'assemblée générale de l'association nomme un commissaire aux comptes titulaire et un suppléant choisis sur la liste mentionnée à l'article L. 822-1 du code de commerce et qui exercent leurs fonctions dans les conditions prévues par l'article L. 612-1 dudit code.
Les comptes annuels de l'association, arrêtés par le conseil d'administration, certifiés par le commissaire aux comptes et établis selon des règles fixées par un règlement du comité de la réglementation comptable, sont approuvés par l'assemblée générale sur le rapport de ce même commissaire aux comptes.
Pour les opérations afférentes à chaque plan et réalisées par l'association, il est établi une comptabilité auxiliaire d'affectation.

Pour chaque plan d'épargne retraite populaire souscrit par une association, il est ouvert des comptes d'espèces et de titres affectés au règlement des dépenses relatives au fonctionnement et aux missions du comité de surveillance et des dépenses relatives au fonctionnement de l'assemblée des participants ou décidées par cette dernière. Il ne peut être opéré de prélèvements sur ces comptes qu'en règlement des charges exposées par l'association au titre du plan ou pour le reversement au plan des sommes mentionnées au troisième alinéa de l'article 16.
Les mouvements d'espèces et de titres sur les comptes affectés à chaque plan mentionnés au premier alinéa sont effectués sous la responsabilité du président de l'association ou, le cas échéant, de son trésorier.
Les statuts ou le règlement intérieur de l'association prévoient les conditions de gestion des comptes mentionnés au premier alinéa et les conditions de prélèvements sur ces comptes.

L'association établit un budget annuel qui inclut notamment le budget annuel de chaque plan élaboré conformément à l'article 11.
Chaque plan d'épargne retraite populaire prévoit que le financement des activités de l'association relatives au plan est assuré, outre par les éventuels droits d'entrée versés à l'association par les participants au plan, par des prélèvements effectués par l'organisme d'assurance sur les actifs du plan. Ces sommes sont déterminées en fonction du budget du plan approuvé en fin d'exercice pour l'exercice suivant. Le contrat prévoit que l'organisme d'assurance gestionnaire du plan verse directement ces sommes sur les comptes affectés au plan mentionnés à l'article 15. Le contrat prévoit également que l'organisme d'assurance verse dans les mêmes conditions les sommes correspondant à des dépenses conduisant à un dépassement du montant de dépenses prévu par le budget du plan sous réserve du respect des conditions et limites prévues dans ce même budget en application du a de l'article 21.
Lorsque la valeur, à la clôture de l'exercice, des dépôts et des titres conservés et enregistrés sur les comptes affectés au plan mentionnés à l'article 15 excède le budget prévisionnel de l'exercice suivant, l'excédent est reversé directement au plan.