L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre.
Le collège arrête le budget de l'Autorité des marchés financiers chaque année avant le début de l'exercice. Le budget comporte la prévision des recettes attendues et des dépenses nécessitées par l'exercice des missions confiées à l'Autorité des marchés financiers. Il peut être modifié en cours d'année. Les crédits inscrits au budget n'ont pas de caractère limitatif.
Avant que le collège ne délibère sur le budget, le secrétaire général recueille l'avis du président de la commission des sanctions sur les moyens affectés à son fonctionnement.
Les délibérations du collège relatives au budget et à ses modifications sont exécutoires de plein droit à l'issue du délai dont dispose le commissaire du Gouvernement pour demander une seconde délibération.

L'Autorité des marchés financiers est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi du 23 février 1963 susvisée et du décret du 29 septembre 1964 susvisé. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité des marchés financiers, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-3 et de toutes autres recettes de l'Autorité des marchés financiers, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.
Avec l'accord du secrétaire général, l'agent comptable peut confier sous son contrôle la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'Autorité des marchés financiers.
L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le secrétaire général.

Les comptes de l'Autorité des marchés financiers sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le secrétaire général après avis du collège et approuvées par le ministre chargé du budget.
Les taux d'amortissement et de dépréciation ainsi que les modalités de tenue des inventaires sont fixés par le règlement comptable et financier.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier de l'Autorité des marchés financiers est préparé par l'agent comptable et soumis par le secrétaire général au collège qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par le collège. Il est transmis à la Cour des comptes par le secrétaire général de l'Autorité des marchés financiers, accompagné des délibérations du collège relatives au budget, à ses modifications et au compte financier, et de tous les autres documents demandés par les ministres ou par la cour, dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.

L'agent comptable est tenu de faire diligence pour assurer le recouvrement de toutes les ressources de l'Autorité des marchés financiers. Les recettes sont recouvrées par l'agent comptable soit spontanément, soit en exécution des instructions du secrétaire général. A l'exception des droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-3 du code monétaire et financier dont le recouvrement relève de la procédure de l'état exécutoire, l'agent comptable adresse aux débiteurs les factures correspondantes et reçoit leurs règlements. Tous les droits acquis au cours d'un exercice doivent être pris en compte au titre de cet exercice.

Lorsque les créances de l'Autorité des marchés financiers, autres que les droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-3 du code monétaire et financier, n'ont pu être recouvrées à l'amiable, les poursuites sont conduites conformément aux usages du commerce ou peuvent faire l'objet d'états rendus exécutoires par le secrétaire général. Les états exécutoires peuvent être notifiés aux débiteurs par lettre recommandée avec accusé de réception. Leur recouvrement est poursuivi jusqu'à opposition devant la juridiction compétente.

L'agent comptable procède aux poursuites. Celles-ci peuvent, à tout moment, être suspendues sur ordre écrit du secrétaire général si la créance est l'objet d'un litige. Le secrétaire général suspend également les poursuites si, en accord avec l'agent comptable, il estime que la créance est irrécouvrable ou que l'octroi d'un délai par l'agent comptable est conforme à l'intérêt de l'Autorité des marchés financiers.

Le secrétaire général peut décider, après l'avis conforme de l'agent comptable :
1° En cas de gêne des débiteurs, d'accorder une remise gracieuse des créances de l'Autorité des marchés financiers, sauf pour les droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-3 du code monétaire et financier ;
2° Sur demande justifiée des débiteurs, d'accorder la remise totale ou partielle des majorations de retard ou des pénalités appliquées aux droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-4 du code monétaire et financier ;
3° Une admission en non-valeur des créances de l'Autorité des marchés financiers, en cas d'irrécouvrabilité avérée ou d'insolvabilité des débiteurs.
Le collège fixe le montant au-delà duquel l'une des remises mentionnées au 1° ou 2° est soumise à son approbation.
Lorsque la remise gracieuse, totale ou partielle, concerne une dette de l'agent comptable, l'avis conforme prévu par l'article 8 du décret du 29 septembre 1964 susvisé est rendu par le collège.

L'agent comptable suspend le paiement des dépenses lorsqu'il constate, à l'occasion de l'exercice de ses contrôles, des irrégularités ou que les certifications délivrées par le secrétaire général sont inexactes. Il en informe le secrétaire général.
Lorsque l'agent comptable a suspendu le paiement des dépenses, le secrétaire général peut, par écrit et sous sa responsabilité, requérir l'agent comptable de payer. L'agent comptable défère à la réquisition et rend compte au ministre chargé du budget, qui transmet l'ordre de réquisition à la Cour des comptes.
Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa ci-dessus, l'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par :
1° L'absence de justification du service fait ;
2° Le caractère non libératoire du règlement ;
3° Le manque de fonds disponibles.
Dans les cas de refus de la réquisition, l'agent comptable rend immédiatement compte au ministre chargé du budget.

Toutes les dépenses doivent être liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent. Les dépenses de l'Autorité des marchés financiers sont réglées par l'agent comptable sur l'ordre donné par le secrétaire général ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, et notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions. L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'une ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.
L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable certaines catégories de dépenses dans les conditions prévues par le règlement comptable et financier.

La liste des pièces justificatives de recettes et de dépenses est préparée par l'agent comptable et proposée par le secrétaire général à l'agrément du ministre chargé du budget. En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le ministre chargé du budget peut autoriser ce dernier à pourvoir à leur remplacement. Les pièces justificatives sont conservées dans les archives de l'agent comptable pendant dix ans au moins à partir de la date de clôture de l'exercice auquel elles se rapportent.

Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées auprès de l'Autorité des marchés financiers par décision du secrétaire général sur avis conforme de l'agent comptable dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé et le règlement comptable et financier.

L'Autorité des marchés financiers dépose ses fonds au Trésor. Elle peut également ouvrir des comptes auprès d'un établissement de crédit ou d'un établissement mentionné à l'article L. 518-1 du code monétaire et financier. Des comptes bancaires à l'étranger peuvent être ouverts sur autorisation du collège. Les fonds de l'Autorité des marchés financiers peuvent donner lieu à rémunération et faire l'objet de placements selon les conditions générales définies par le collège.

Les comptes de l'agent comptable de l'Autorité des marchés financiers sont jugés directement par la Cour des comptes. Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est également assuré par le receveur général des finances.

L'Autorité des marchés financiers est soumise aux dispositions du titre II de la loi du 3 janvier 1991 susvisée.