Les dispositions des articles R. 63 et R. 64 du code électoral sont applicables au dépouillement du scrutin dans les bureaux de vote.
Les scrutateurs sont désignés par le bureau parmi les électeurs présents sachant lire et écrire, lesquels se divisent par tables de quatre au moins. Les organisations politiques habilitées à participer à la campagne en vue du référendum peuvent également désigner des scrutateurs, auxquels sont applicables les dispositions de l'article R. 65 du code électoral.

Dès la clôture du scrutin, il est procédé au dénombrement des émargements. Ensuite, le dépouillement se déroule de la manière suivante : l'urne est ouverte et le nombre des enveloppes est vérifié. Si ce nombre est plus grand ou moindre que celui des émargements, il en est fait mention au procès-verbal.
Les enveloppes contenant les bulletins sont regroupées par paquets de 100. Ces paquets sont introduits dans des enveloppes spécialement réservées à cet effet. Dès l'introduction d'un paquet de 100, l'enveloppe est cachetée et y sont apposées les signatures du président du bureau de vote et d'au moins deux assesseurs. Si, à la fin du regroupement des enveloppes électorales par paquets de 100, le bureau constate qu'il reste des enveloppes électorales en nombre inférieur à 100, il introduit ces enveloppes dans une enveloppe de centaine qui doit porter, outre les signatures prévues ci-dessus, la mention du nombre des enveloppes électorales qu'elle contient.
Le président répartit entre les diverses tables de dépouillement les enveloppes de centaine.
Après avoir vérifié que les enveloppes de centaine sont conformes aux dispositions qui précèdent, les scrutateurs les ouvrent et en extraient les enveloppes électorales. L'un des scrutateurs extrait le bulletin de chaque enveloppe et le passe déplié à un autre scrutateur : celui-ci le lit à haute voix. Les réponses à la question posée sont relevées par deux scrutateurs au moins sur les feuilles de pointage préparées à cet effet.
Une fois les opérations de lecture et de pointage terminées, les scrutateurs remettent au bureau les feuilles de pointage, signées par eux en même temps que les bulletins dont la validité leur a paru douteuse ou a été contestée par des électeurs ou par un délégué d'une organisation politique habilitée à participer à la campagne en vue du référendum.

Si une enveloppe électorale contient plusieurs bulletins de vote, le vote est nul quand les bulletins portent des réponses contradictoires. Les bulletins multiples ne comptent que pour un seul quand ils portent la même réponse.

Les bulletins de vote autres que ceux fournis par l'administration, les bulletins trouvés dans l'urne sans enveloppe ou dans une enveloppe non réglementaire, les bulletins ou enveloppes portant des signes intérieurs ou extérieurs de reconnaissance, les bulletins ou enveloppes portant des mentions quelconques n'entrent pas en compte dans le résultat du dépouillement. Ils sont annexés au procès-verbal ainsi que les enveloppes non réglementaires et contresignés par les membres du bureau.
Chacun des bulletins ou enveloppes annexés doit porter mention des causes de l'annexion.

Les résultats du scrutin sont consignés dans un procès-verbal rédigé sur des formulaires spéciaux fournis par l'administration. Les dispositions des articles L. 68 (premier alinéa), R. 67 (premier, deuxième et quatrième alinéa), R. 68 et R. 70 (premier alinéa) du code électoral sont applicables. Les délégués des organisations politiques habilitées à participer à la campagne en vue du référendum sont invités à contresigner les exemplaires du procès-verbal.
Dans les communes comportant plusieurs bureaux de vote, les dispositions de l'article R. 69 du code électoral sont applicables, les délégués des organisations politiques habilitées à participer à la campagne en vue du référendum étant substitués aux délégués des candidats ou des listes.

Un exemplaire du procès-verbal consignant les résultats communaux est transmis sans délai à la commission de recensement prévue par l'article 17.

Dans chaque département, dans chaque territoire d'outre-mer, en Nouvelle-Calédonie, à Mayotte et à Saint-Pierre-et-Miquelon, une commission de recensement, siégeant au chef-lieu, totalise, dès la clôture du scrutin et au fur et à mesure de l'arrivée des procès-verbaux, les résultats constatés au niveau de chaque commune.
La commission tranche les questions que peut poser, en dehors de toute réclamation, le décompte des bulletins et procède aux rectifications nécessaires, sans préjudice du pouvoir d'appréciation du Conseil constitutionnel.
La commission comprend trois magistrats, dont son président, désignés par le premier président de la cour d'appel ou, à Mayotte et à Saint-Pierre-et-Miquelon, par le président du tribunal supérieur d'appel.
Les travaux de la commission sont achevés au plus tard le lendemain du scrutin, à minuit.
Le procès-verbal dressé par la commission de recensement est transmis sous pli scellé au Conseil constitutionnel. Y sont joints avec leurs annexes les procès-verbaux des opérations de vote qui portent mention de réclamations.
Un double du procès-verbal dressé par la commission de recensement est versé aux archives de la préfecture.

Les présidents des commissions de recensement doivent se tenir en liaison avec les délégués que le Conseil constitutionnel aura pu désigner en application des dispositions de l'article 48 de l'ordonnance du 7 novembre 1958 susvisée. Ils fourniront les informations et communiqueront les documents que lesdits délégués jugeraient utiles pour l'accomplissement de leur mission. Les délégués du Conseil constitutionnel peuvent mentionner leurs observations au procès-verbal des opérations de vote.

Le recensement général des votes sera effectué par le Conseil constitutionnel et à son siège.