Le conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins se réunit au moins quatre fois par an, sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines, après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.
Sauf dans les cas où une majorité qualifiée est requise, les décisions sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions du conseil, auxquelles il peut participer ou se faire représenter et dont les délibérations lui sont transmises.

Le conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins peut, par délibération adoptée à la majorité de ses membres, déléguer au bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget, à l'approbation des comptes annuels aux cotisations professionnelles obligatoires et aux actes qui engagent le patrimoine immobilier du comité.

Le bureau se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le bureau ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, il se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines, après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.
Sauf dans les cas où une majorité qualifiée est requise, les décisions sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions du bureau, auxquelles il peut participer ou se faire représenter et dont les délibérations lui sont transmises.

Les membres du conseil ou du bureau peuvent, avec l'accord du président, participer aux débats par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale.
Ce moyen ne peut pas être utilisé lorsque le vote est secret et pour des délibérations relatives au budget, à l'approbation des comptes annuels, aux cotisations professionnelles obligatoires et aux actes qui engagent le patrimoine immobilier du comité.
Leur participation est prise en compte pour le calcul du quorum.

Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, fixe les conditions de fonctionnement du comité national.

Le bureau est responsable de la gestion du régime de garantie contre les intempéries et avaries assurée par des caisses agréées par lui. Ses délibérations relatives au régime de garantie contre les intempéries et avaries sont prises après avis de la commission du comité national en charge du suivi des questions sociales.

En application de l'article L. 921-2-1, les délibérations adoptées à la majorité des membres du conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins, ou du bureau par délégation de ce dernier, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, notamment lorsqu'elles prévoient :
1° Des mesures d'adéquation des capacités de pêche à la ressource disponible, par l'institution et le contingentement d'autorisations de pêche, par l'ajustement de l'effort de pêche et par la définition et la normalisation des caractéristiques des engins de pêche ;
2° Des modalités techniques de coexistence entre les différentes activités d'élevage marin dans les zones de production, en matière de densité des élevages et de compatibilité des espèces élevées dans une même zone, et des modalités techniques d'organisation des différents stades d'élevage marin, de sauvegarde des cheptels, de prophylaxie des produits d'élevage et, le cas échéant, d'éradication des produits contaminés.

En application du deuxième alinéa de l'article L. 921-2-2, les délibérations adoptées à la majorité des membres du conseil du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins, ou du bureau par délégation de ce dernier, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, lorsqu'elles prévoient des mesures réglementant la pêche des espèces qui ne sont pas soumises à un total autorisé de captures ou à des quotas de captures en application d'un règlement de l'Union européenne et relatives :
1° A l'organisation des pêcheries en ce qui concerne la limitation du temps de pêche, la fixation des dates d'ouverture et de fermeture de la pêche de certaines espèces, la définition de zonages ou de carroyages particuliers ;
2° A la limitation du volume des captures de certaines espèces, par la définition de quotas de pêche fixés par zone ou par période et par la répartition et la gestion de ces quotas à l'échelon régional ou portuaire ou par unité d'effort (flottille, navires ou nombre d'hommes embarqués).

Les délibérations du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins fixant le montant des cotisations professionnelles prévues à l'article L. 912-16 font l'objet d'un avis publié au Journal officiel de la République française.