Si le contrôle fait apparaître que les végétaux, produits végétaux et autres objets ne sont pas indemnes d'organismes nuisibles, le passeport phytosanitaire n'est pas délivré et une ou plusieurs des mesures prévues aux articles L. 251-8 et L. 251-14 sont prises immédiatement.
Toutefois, s'il apparaît qu'une partie des végétaux, produits végétaux et autres objets cultivés, produits utilisés par le producteur ou qui sont présents de toute autre manière chez celui-ci, ne présente pas de risque de propagation d'organismes nuisibles, le passeport phytosanitaire est délivré pour la partie saine.