Pour les transports maritimes, par route ou par voies d'eau intérieures, la perception de la taxe exigible est opérée lors du passage en douane, lorsque le transport est effectué par des entreprises qui ne sont pas établies dans un Etat membre de la Communauté européenne et qui n'ont pas désigné un représentant fiscal en France.

Dans les ports où la direction générale des douanes et des droits indirects perçoit le droit de port exigible à raison des opérations commerciales ou des séjours qui y sont effectués, les comptables de cette administration sont habilités à accepter, pour le compte du port et sur la base de la liquidation effectuée par ce dernier, les paiements relatifs à la taxe sur la valeur ajoutée due, le cas échéant, sur le droit de port.
Les paiements reçus sont versés aux ports suivant les mêmes modalités que le droit de port auquel ils se rapportent.