La mission de recherche scientifique fondamentale et appliquée en matière pédagogique, médicale et technique de l'Institut national du sport et de l'éducation physique s'exerce au sein de chaque département.

Un chargé de mission auprès du directeur est nommé par arrêté du ministre chargé des sports, sur proposition du directeur de l'institut et après avis du conseil d'administration. Il est chargé de la recherche scientifique et a pour tâche de coordonner les activités de recherche menées à l'Institut national du sport et de l'éducation physique. Un correspondant lui est désigné, à cet effet, dans chaque département.
Il prend les contacts utiles avec le secteur de la recherche extérieure à l'établissement.
Il prépare les conventions et accords qui peuvent éventuellement être passés en matière de recherche avec les organismes extérieurs à l'établissement.
Un conseil d'application placé auprès du directeur assiste le chargé de mission dans ses fonctions.