L'ouverture d'une enquête est décidée par le directeur du BEA mer, à son initiative ou sur demande du ministre chargé de la mer, dans les conditions fixées par les articles R. 1621-28 à R. 1621-31.

Dans le cas d'un accident de mer très grave, tel que défini par le code de normes internationales et pratiques recommandées applicables à une enquête de sécurité sur un accident de mer ou un incident de mer (code pour les enquêtes sur les accidents), adopté à Londres le 16 mai 2008, et impliquant un ou plusieurs navires de commerce ou navires de pêche de plus de quinze mètres ou navires de plaisance qui sont pourvus d'un équipage et transportent plus de douze passagers à des fins commerciales, une enquête technique est systématiquement ouverte.

Dans le cas d'un accident de mer grave, une évaluation est réalisée par le BEA mer préalablement à la décision éventuelle d'ouvrir une enquête technique.
Constituent un accident de mer grave un incendie, une explosion, un abordage, un échouement, une avarie, une fissuration ou une défectuosité présumée de la coque rendant le navire inapte à prendre la mer ou entraînant une pollution ou une panne nécessitant un remorquage ou le secours de services côtiers.
La décision d'ouvrir ou non l'enquête technique en cas d'accident grave tient compte de la nature de l'événement, de son niveau de gravité, du type de navire, de la cargaison et de la possibilité d'en tirer des enseignements en matière de prévention des risques maritimes.
S'il n'est pas ouvert d'enquête de sécurité, les motifs de cette décision sont enregistrés et notifiés à la Commission européenne conformément au modèle figurant à l'annexe II de la directive 2009/18/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 établissant les principes fondamentaux régissant les enquêtes sur les accidents dans le secteur des transports maritimes et modifiant la directive 1999/35/ CE du Conseil et la directive 2002/59/CE du Parlement européen et du Conseil.

En cas de tout autre événement de mer, le directeur du BEA mer décide s'il est nécessaire de procéder à une enquête technique, en tenant compte de la nature de l'événement, de son niveau de gravité, du type de navire, de sa cargaison et des enseignements à en tirer en matière de prévention des risques maritimes.

L'enquête technique, qu'elle soit obligatoire ou décidée par le directeur du BEA mer, est ouverte dès que possible après la survenance de l'événement de mer et, en tout état de cause, dans un délai de deux mois à compter de celui-ci.

Les éléments de preuve, en particulier les informations provenant des enregistrements électroniques et magnétiques et bandes vidéo, tels que ceux provenant de l'enregistreur de données de voyage, sont recueillis le plus rapidement possible. Ils sont conservés de manière à éviter leur altération ou écrasement et leur interférence avec tout autre matériel susceptible d'être utile à l'enquête technique. Ces éléments de preuve sont mis à la disposition des enquêteurs conformément aux codes et résolutions pertinentes de l'Organisation maritime internationale, au droit de l'Union européenne et aux articles L. 1621-10 à L. 1621-14.

Lorsqu'elles ont connaissance d'un événement de mer impliquant un ou plusieurs Etats membres ou Etats tiers au titre, soit d'Etat du pavillon, soit d'Etat ayant d'importants intérêts en jeu, les autorités administratives françaises compétentes échangent avec les autorités de ce ou de ces Etats les informations dont elles disposent concernant l'événement.
Lorsque la France est impliquée avec d'autres Etats dans un accident de mer, les Etats concernés désignent, conformément aux accords et conventions internationales applicables, et notamment au code pour les enquêtes sur les accidents mentionné à l'article R. 1621-28, l'Etat principalement responsable de l'enquête.
Un Etat tiers ne peut conduire l'enquête sur un accident de mer impliquant l'Etat français en tant qu'Etat du pavillon, Etat côtier ou Etat ayant d'importants intérêts en jeu que s'il peut garantir qu'il applique rigoureusement les normes et les pratiques recommandées du code pour les enquêtes sur les accidents mentionné à l'article R. 1621-28, notamment en matière d'indépendance et de qualification des enquêteurs, de confidentialité des dépositions des témoins et de protection de ceux-ci.
Lorsqu'un Etat autre que la France est désigné comme responsable de l'enquête technique, le directeur du BEA mer organise, avec l'organisme d'enquête concerné, la participation française à cette enquête.
Le directeur du BEA mer peut accepter la responsabilité de conduire une enquête technique ou de mener des tâches spécifiques relevant de cette enquête par délégation d'un Etat membre. Il fixe alors les modalités d'intervention du BEA mer.

Lorsque le BEA mer est désigné comme responsable ou coresponsable d'une enquête technique relative à un accident de mer impliquant un ou plusieurs Etats étrangers, il fixe les modalités de participation ou d'association des enquêteurs techniques étrangers conformément aux accords et conventions internationales applicables, notamment le code pour les enquêtes sur les accidents mentionné à l'article R. 1621-28.

Lorsqu'un transbordeur roulier ou un engin à passagers à grande vitesse est impliqué dans un événement de mer survenu dans les eaux territoriales ou intérieures françaises, le BEA mer lance la procédure d'enquête technique et demeure responsable de celle-ci jusqu'à ce que l'Etat principalement responsable de l'enquête ait été désigné d'un commun accord entre les Etats concernés.
La même procédure est applicable lorsque l'événement de mer survient dans des eaux autres que les eaux territoriales ou intérieures françaises et que la France est le dernier Etat membre où le transbordeur roulier ou l'engin à passagers à grande vitesse a relâché.

Dans le cas d'un événement de mer impliquant au moins deux Etats membres et à défaut d'accord quant à la désignation de l'Etat principalement responsable de l'enquête technique, le directeur du BEA mer ouvre une enquête parallèle et en informe la Commission européenne.

Lorsqu'il est désigné comme organisme principalement responsable de l'enquête, le BEA mer publie, dans les douze mois à compter du jour de l'accident, un rapport présenté conformément à l'annexe I de la directive 2009/18/ CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 établissant les principes fondamentaux régissant les enquêtes sur les accidents dans le secteur des transports maritimes et modifiant la directive 1999/35/ CE du Conseil et la directive 2002/59/ CE du Parlement européen et du Conseil.
Lorsque l'enquête ne concerne pas un accident de mer très grave au sens de l'article R. 1621-28 ou grave au sens de l'article R. 1621-29, et que ses conclusions ne sont pas susceptibles de conduire à la prévention d'événements de mer futurs, le BEA mer publie un rapport simplifié.
Au cas où le rapport final ne peut être produit dans le délai imparti, le BEA mer publie un rapport intermédiaire dans les douze mois à compter du jour de l'accident.
Une copie du rapport final et, le cas échéant, du rapport intermédiaire ou du rapport simplifié est envoyée par le BEA mer à la Commission européenne.

Le BEA mer notifie à la Commission européenne les événements de mer ainsi que les données recueillies dans le cadre des enquêtes techniques, conformément à l'annexe II de la directive 2009/18/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 établissant les principes fondamentaux régissant les enquêtes sur les accidents dans le secteur des transports maritimes et modifiant la directive 1999/35/CE du Conseil et la directive 2002/59/CE du Parlement européen et du Conseil, afin qu'ils soient enregistrés dans la base de données européenne sur les accidents de mer.
Le BEA mer est l'organisme français habilité pour consulter la base de données. Il participe aux travaux de mise au point de la base menés sous l'égide de la Commission.