Le BEA mer notifie à la Commission européenne les événements de mer ainsi que les données recueillies dans le cadre des enquêtes techniques, conformément à l'annexe II de la directive 2009/18/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 établissant les principes fondamentaux régissant les enquêtes sur les accidents dans le secteur des transports maritimes et modifiant la directive 1999/35/CE du Conseil et la directive 2002/59/CE du Parlement européen et du Conseil, afin qu'ils soient enregistrés dans la base de données européenne sur les accidents de mer.
Le BEA mer est l'organisme français habilité pour consulter la base de données. Il participe aux travaux de mise au point de la base menés sous l'égide de la Commission.