Au sein de chaque juridiction, le juge de l'application des peines, le procureur de la République et les autres magistrats mandants déterminent les orientations générales relatives à l'exécution des mesures confiées au service pénitentiaire d'insertion et de probation ainsi que celles relatives à l'exécution des peines privatives de liberté, et évaluent ensuite leur mise en œuvre.
Les chefs de juridiction organisent la concertation entre les magistrats concernés.

Le juge de l'application des peines, le procureur de la République et les autres magistrats mandants communiquent, le cas échéant, pour chaque dossier dont le service est saisi, des instructions particulières relatives à la finalité de la mesure et au contenu des obligations à respecter.
Le service pénitentiaire d'insertion et de probation définit les modalités de la prise en charge des personnes placées sous main de justice et les met en œuvre, après en avoir avisé le magistrat mandant qui peut, le cas échéant, faire toutes observations utiles.
Le juge de l'application des peines ou le magistrat mandant signale au directeur du service pénitentiaire d'insertion et de probation toute difficulté qu'il constate dans la prise en charge des mesures et, s'il y a lieu, demande au directeur du service précité qu'il lui adresse un rapport en réponse.

Le juge de l'application des peines et le directeur du service pénitentiaire d'insertion et de probation visitent chaque année les divers foyers ou organismes d'hébergement accueillant les personnes mentionnées par les dispositions des articles D. 113-36, D. 113-41, D. 522-4 et D. 542-1 du code pénitentiaire.