L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget comprend notamment :

1° En recettes :

a) Les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et d'autres organismes publics ;

b) Les subventions des organismes internationaux et de l'Union européenne ;

c) Le produit des droits progressifs perçus en application de l'article L. 5141-8 ;

d) Les fonds de contrat sur programme ;

e) Les produits de redevances et contributions, notamment les produits de la propriété intellectuelle ;

f) La rémunération des services rendus et toutes ressources que l'agence tire de son activité ;

g) Le produit des publications et actions de formation ;

h) Le produit de l'aliénation des biens, meubles et immeubles ;

i) Les produits financiers, le remboursement des prêts et avances ;

j) Les emprunts ;

k) Le produit des dons et legs ;

l) Toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements ;

2° En dépenses :

a) Les dépenses de personnel ;

b) Les dépenses de fonctionnement ;

c) Les dépenses d'investissement.

Le budget est soumis au vote du conseil d'administration avant le 25 novembre de l'année précédente.

L'agent comptable est nommé par arrêté des ministres chargés de l'agriculture, du budget, de l'environnement, de la santé, et du travail.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle.

L'agence peut, avec l'autorisation des ministres chargés du budget, de l'économie, de l'agriculture, de l'environnement, de la santé et du travail, recourir à l'emprunt.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.