Les établissements publics à caractère scientifique et technologique sont créés dans les conditions énoncées par l'article L. 321-1, après consultation du Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Les établissements publics à caractère scientifique et technologique sont soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sous réserve des dispositions particulières du présent chapitre.

Le budget d'un établissement public à caractère scientifique et technologique présente les autorisations d'engagement et les crédits de paiement sous la forme d'un état comportant en lignes leur destination et en colonnes leur nature.

La destination des dépenses est détaillée dans trois agrégats.
Le premier agrégat se rapporte à l'activité conduite par les unités de recherche. Au sein de cet agrégat, les dépenses sont présentées selon une double ventilation :
1° Entre les unités ou groupes d'unités de recherche ;
2° Entre les différentes finalités des thèmes et programmes de recherche, de manière à faire ressortir leur impact socio-économique ou leur contribution à une stratégie de recherche, en fonction des spécificités de chaque établissement.
Les crédits sont consommés selon l'une ou l'autre des répartitions.
Le deuxième agrégat se rapporte aux actions communes de l'établissement. Ces actions comprennent notamment les grands équipements scientifiques, les actions de valorisation des résultats de la recherche, les échanges internationaux, l'information scientifique et technique, la formation permanente.
Le troisième agrégat se rapporte aux fonctions support. Ces fonctions comprennent notamment l'action sociale, les moyens informatiques communs, l'entretien immobilier, les acquisitions, constructions et gros travaux immobiliers, les moyens généraux des unités de recherche et des services territoriaux de l'établissement, les services centraux et les opérations financières.
Hors agrégats, une réserve pour hausse des rémunérations ou des charges sociales peut être constituée et mobilisée si des dispositions législatives ou réglementaires nouvelles entrent en vigueur en cours de gestion.
Au sein de chaque agrégat ou hors agrégats, des dotations d'emplois et de crédits à répartir peuvent être prévues lorsque leur destination ne peut être précisée au moment de l'approbation du budget.
Le montant total des dotations à répartir prévues hors agrégats au titre des dépenses de personnel financées en totalité ou en partie sur les subventions pour charges de service public ne peut excéder 3 % des crédits ouverts au budget pour ces dépenses. Le montant total des dotations à répartir prévues hors agrégats au titre des autres natures de dépenses ne peut excéder 5 % des crédits ouverts au budget pour ces autres natures de dépenses.

La nature des dépenses est détaillée selon les catégories suivantes :
1° Les dépenses de personnel ;
2° Les dépenses de fonctionnement ;
3° Les investissements non programmés ;
4° Les opérations d'investissement programmé et les autres opérations en capital.
Les dépenses de personnel distinguent, d'une part, les dépenses limitatives, financées en totalité ou en partie sur subvention pour charges de service public et, d'autre part, sous réserve des dispositions de l'article D. 321-8, les dépenses non limitatives correspondant à la rémunération d'agents non permanents intégralement financée sur les autres catégories de recettes définies à l'article D. 321-6. Les actes de recrutement de ces agents doivent faire mention du financement sur lequel les rémunérations sont adossées.
La ventilation de chaque destination de dépense entre fonctionnement et investissement non programmé peut n'être effectuée qu'au stade de l'exécution du budget. La ventilation pour l'année à venir est alors prévue globalement pour l'ensemble du budget.
Les crédits de fonctionnement et les crédits d'investissement non programmé peuvent être attribués aux unités de recherche sous forme de dotations globales.
Les différents types d'emplois sont récapitulés dans un état annexé au budget.

Les recettes sont présentées selon quatre catégories :
1° Les subventions pour charges de service public ;
2° Les contrats de recherche et soutiens finalisés à l'activité de recherche, qui comprennent notamment les produits des contrats de recherche passés avec des tiers publics ou privés, les subventions affectées à un projet ou programme de recherche, les dons et legs affectés ;
3° Les produits valorisés de l'activité de recherche et les prestations de services, qui comprennent notamment les redevances pour brevets et licences, les produits de l'édition, de l'organisation des colloques, de la réalisation d'essais, expertises et analyses ;
4° Les autres subventions et produits, qui comprennent notamment les subventions non affectées à un projet ou un programme de recherche, les dons et legs non affectés, les produits financiers, les produits exceptionnels.
Ces catégories sont détaillées en lignes.
La ventilation de la catégorie des contrats de recherche et soutiens finalisés à l'activité de recherche, par unité ou groupe d'unités de recherche qui en est à l'origine, est annexée au budget. Toutefois, un arrêté des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget peut autoriser un établissement à ne procéder à cette ventilation qu'au stade de l'exécution.

Les destinations de dépenses et les lignes de recettes font l'objet d'une nomenclature, propre à chaque établissement, prévue par arrêté des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget. Celle-ci détaille les agrégats de destination de dépenses et les catégories de recettes définis aux articles D. 321-3 à D. 321-6, sans fixer la liste des unités ou groupes d'unités de recherche ni la liste des thèmes et programmes de recherche, qui relèvent de décisions de l'établissement.
Les natures de dépenses et les lignes de recettes correspondent à des comptes ou à des subdivisions de comptes du plan comptable de chaque établissement ou à des regroupements.

Sont limitatifs, hors affectation de la réserve et des dotations à répartir inscrites hors agrégat, d'une part, le montant total des crédits du premier agrégat et de l'ensemble formé par le second et le troisième agrégat, d'autre part, le montant total des dépenses de personnel limitatives mentionnées à l'article D. 321-5.
Les montants mentionnés au premier alinéa ne peuvent être augmentés que par décision modificative du budget soumise au conseil d'administration et approuvée par les ministres de tutelle et le ministre chargé du budget dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
L'affectation de la réserve et des dotations à répartir inscrites hors agrégats est décidée en accord avec le contrôleur budgétaire. Elle est portée à la connaissance du conseil d'administration lors de la plus prochaine décision modificative du budget qui lui est soumise.
Les destinations détaillées de dépenses et leur ventilation par nature de dépenses servent de cadre à la construction du budget et au suivi de son exécution, sans présenter de caractère limitatif.

Un état annexé au budget retrace, d'une part, pour chaque opération d'investissement programmé, les affectations, les engagements et les paiements, d'autre part, la situation globale des autorisations d'engagement et des crédits de paiement.

L'ordonnateur peut, après avis du contrôleur budgétaire, reporter sur l'exercice budgétaire tout ou partie des autorisations d'engagement et des crédits de paiement relatifs aux tranches annuelles non exécutées des opérations d'investissement programmées et des contrats de recherche pluriannuels en cours, qu'ils soient exécutés au sein de l'établissement ou que l'établissement en assure le financement.
Cette décision donne lieu à un budget rectificatif approuvé à l'occasion de la plus prochaine réunion du conseil d'administration.

Une prévision d'exécution du budget de l'année en cours est présentée en même temps que le projet de budget de l'année suivante.

Le budget de l'établissement destiné à l'activité conduite par ses unités de recherche, complété par les ressources extrabudgétaires apportées par des organismes partenaires, notamment dans le cadre d'unités de recherche constituées avec eux, fait l'objet d'une présentation associée au budget.
L'ensemble des apports est décrit en fonction de leur origine, en distinguant :
1° Les apports de l'établissement à ses unités propres ;
2° Les apports de l'établissement aux unités constituées avec des partenaires ;
3° Les apports des partenaires.
Les ressources apportées sont également présentées selon les deux modes de ventilation prévus aux 1° et 2° de l'article D. 321-4, entre les unités ou groupes d'unités de recherche et entre les différentes finalités des thèmes et programmes de recherche.
Cette présentation prend en compte les données les plus récentes. Elle a une valeur indicative.

Une présentation des objectifs poursuivis et des résultats atteints par l'établissement est associée au budget.
Les objectifs sont rapprochés de chacun des trois agrégats de destination des dépenses mentionnés à l'article D. 321-4 ou renvoient de manière globale à l'action de l'établissement. Les objectifs sont associés à des indicateurs permettant d'en mesurer la réalisation.
Les objectifs et les indicateurs associés doivent permettre d'apprécier l'efficacité de l'établissement dans l'accomplissement de ses missions, la qualité de ses activités et l'efficacité de la gestion de ses ressources.

Les pièces justificatives relatives au remboursement de frais occasionnés par les déplacements des personnels d'un établissement public à caractère scientifique et technologique sont conservées par l'ordonnateur qui les tient à la disposition de l'agent comptable.
Lorsque, à l'occasion de l'exercice de son contrôle, l'agent comptable constate que le paiement n'était pas dû en totalité ou en partie au regard des contrôles lui incombant en vertu des articles 19 et 20 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, l'ordonnateur émet l'ordre de recette ou l'ordre de reversement correspondant, en application de l'article 40 du même décret.

Le conseil d'administration des établissements publics à caractère scientifique et technologique est saisi chaque année de comptes consolidés incluant leurs filiales, ainsi que des comptes de chacune des filiales constituées en application de l'article L. 321-4.