Les membres honoraires et participants de la mutuelle se réunissent en assemblée générale, au moins une fois par an, à l'effet notamment de se prononcer sur le compte rendu de la gestion morale et financière du conseil d'administration et de procéder à l'élection, à bulletin secret, des administrateurs et des membres de la commission de contrôle, dans les conditions prévues par les statuts.
L'assemblée générale est obligatoirement appelée à se prononcer sur les modifications des statuts, sur la scission ou la dissolution, sur la fusion avec une autre mutuelle ainsi que sur les emprunts dont la nature et l'importance sont fixées par décret. Le droit de vote appartient à chacun des membres de la mutuelle. En ce qui concerne les mineurs, il est exercé par leur représentant légal. Toutefois, les statuts peuvent admettre ces mineurs à participer personnellement au vote lorsqu'ils sont âgés de plus de seize ans.
Les mutuelles qui, en raison de l'importance de leur effectif ou de l'étendue de leur circonscription, n'ont pas la possibilité de réunir tous leurs membres en assemblée générale peuvent organiser des sections locales de vote. Dans ce cas, l'assemblée est composée des délégués élus par ces sections.

Pour la détermination des montants ou des taux des cotisations, l'assemblée générale peut déléguer, en tout ou partie, ses pouvoirs au conseil d'administration sous réserve que la délégation soit confirmée annuellement.

L'administration d'une mutuelle ne peut être confiée qu'à des membres âgés de dix-huit ans accomplis, sous réserve qu'ils n'aient encouru aucune des condamnations prévues aux articles L. 5, L. 6 et L. 7 du code électoral dans les délais déterminés par ces articles, qu'ils n'aient fait l'objet, dans les cinq années précédentes, d'aucune condamnation prononcée en application des dispositions du présent code, ni d'aucune condamnation à une peine contraventionnelle prononcée en application des dispositions du code de la sécurité sociale.
Les administrateurs ne peuvent être élus que parmi les membres participants et honoraires. Le conseil d'administration doit être composé, pour les deux tiers au moins, de membres participants. Il est renouvelé par fractions, dans un délai maximum de six ans, dans les conditions fixées par les statuts, conformément à l'article L. 122-1 du présent code.
Sauf pour la fixation du montant ou du taux des cotisations, le conseil d'administration peut déléguer, sous sa responsabilité, une partie de ses pouvoirs soit au président, soit à un ou plusieurs administrateurs, soit à une ou plusieurs commissions temporaires ou permanentes de gestion, dont les membres sont choisis parmi les administrateurs.

Dans les mutuelles employant au moins cinquante salariés, deux représentants de ceux-ci, élus dans les conditions fixées par les statuts, assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.
Toutefois, l'assemblée générale peut décider, exceptionnellement, d'allouer annuellement une indemnité à ceux des administrateurs qui, à raison des attributions permanentes qui leur sont confiées, supportent des sujétions particulièrement importantes.
La délibération de l'assemblée générale est déposée auprès de l'autorité administrative.
En outre, les administrateurs peuvent être remboursés des frais de représentation, de déplacement et de séjour.

Les administrateurs des mutuelles bénéficient pour l'exercice de leurs responsabilités et leur formation des dispositions prévues aux articles L. 133-7, L. 225-7 et L. 950-2 du code du travail.

Il est interdit aux administrateurs de prendre ou de conserver un intérêt, direct ou indirect, dans une entreprise ayant traité avec la mutuelle ou dans un marché passé avec celle-ci. Il leur est également interdit de faire partie du personnel rétribué par la mutuelle ou de recevoir, à quelque titre et sous quelque forme que ce soit, des rémunérations à l'occasion du fonctionnement de la mutuelle ou du service des avantages statutaires.
Les administrateurs ne peuvent exercer de fonctions donnant lieu à une rémunération de la mutuelle qu'à l'expiration d'un délai d'un an à compter de la fin de leur mandat.

Sous réserve des dispositions de l'article L. 125-5, il est interdit aux administrateurs de recevoir, à l'occasion de l'exercice de leurs fonctions, une commission, rémunération ou ristourne, sous quelque forme que ce soit.

Les mutuelles ne peuvent, pour le recrutement de leurs adhérents, ni recourir à des intermédiaires commissionnés ni attribuer à leur personnel des rémunérations qui soient fonction du nombre des adhésions obtenues ou du montant des cotisations versées.

Une commission de contrôle, composée au moins de trois membres de la mutuelle n'appartenant pas au personnel de celle-ci et n'ayant pas la qualité d'administrateur est élue, en assemblée générale, à bulletin secret. Elle soumet chaque année à l'assemblée générale un rapport sur la gestion comptable de la mutuelle.
Lorsque l'importance ou la nature des activités telles qu'elles sont définies par un décret en Conseil d'Etat le justifient, l'assemblée générale doit adjoindre à cette commission au moins un commissaire aux comptes choisi en dehors des membres de la mutuelle et exerçant sa mission dans les conditions fixées par la loi n° 66-537 du 24 juillet 1966 sur les sociétés commerciales.
Les mutuelles qui ne sont pas soumises à ces dispositions peuvent adjoindre à cette commission un ou plusieurs commissaires aux comptes, choisis en dehors des membres de la mutuelle, soit parmi les experts comptables, soit parmi les commissaires aux comptes de sociétés.

Les mutuelles sont valablement représentées en justice par leur président ou par un délégué ayant reçu du conseil d'administration mandat spécial à cet effet.