L'ensemble des pièces et documents au vu desquels il est envisagé de sanctionner le comparant est adressé au rapporteur dès la désignation de ce dernier.

Le rapporteur convoque le comparant et son défenseur. Il leur donne communication personnelle et confidentielle de l'ensemble des pièces et documents prévus à l'article R. 4137-77, recueille leurs explications et reçoit les pièces présentées en défense. Le comparant ou son défenseur fait en outre connaître au rapporteur l'identité des personnes qu'il demande à faire entendre par le conseil d'enquête.
Le rapporteur dresse un procès-verbal mentionnant qu'il y a eu communication effective de l'ensemble des pièces et documents. Il le date et le signe ainsi que le comparant ; si celui-ci refuse de signer, mention est faite de son refus.
Si le comparant n'a pas répondu à la convocation, le rapporteur, en son absence, poursuit l'instruction du dossier.
Un exemplaire du procès-verbal est adressé au président du conseil d'enquête.

Au reçu du procès-verbal, le président fixe la date de la réunion du conseil et convoque soit d'office, soit sur la demande du comparant, les personnes dont l'audition est utile pour l'examen de l'affaire.

Le président du conseil ne peut refuser la demande du comparant de faire entendre son président de catégorie ou, pour la gendarmerie nationale, son président du personnel militaire si ce dernier le souhaite.

Il notifie la date de la réunion du conseil ainsi que la liste des personnes mentionnées aux deux alinéas précédents au comparant de manière que celui-ci dispose, au reçu de cette notification, d'un délai de huit jours francs au moins avant la date de ladite réunion. Il l'invite à se présenter aux lieu, jour et heure indiqués et l'avise que, s'il ne se présente pas, le conseil pourra siéger hors de sa présence. Il informe le défenseur de ces notifications.

En cas d'indisponibilité du président ou de l'un des membres du conseil d'enquête, l'autorité mentionnée au premier alinéa de l'article R. 4137-72 procède à leur remplacement en désignant leur suppléant respectif dans l'ordre du tirage au sort prévu à l'article R. 4137-75. La date de la réunion du conseil d'enquête est, le cas échéant, reportée.

Lors de l'ouverture de la réunion du conseil, le président informe le comparant et son défenseur que le conseil d'enquête émet un avis sur les suites qui lui paraissent devoir être réservées à la procédure disciplinaire engagée.
Si le comparant ou le défenseur ne se présente pas, il est fait mention de cette absence au procès-verbal. Toutefois, le président peut ordonner une nouvelle convocation s'il estime justifié l'empêchement invoqué.
Le rapporteur donne lecture de son rapport. Le conseil prend ensuite connaissance des renseignements fournis par écrit et entend successivement et séparément les personnes mentionnées à l'article R. 4137-78. Le rapporteur, le comparant et son défenseur ainsi que les membres du conseil peuvent, sous l'autorité du président, leur poser des questions. Les membres du conseil peuvent, sous l'autorité du président, poser des questions au comparant.
Le comparant et son défenseur présentent alors leurs observations. En cas d'une intervention postérieure d'un membre du conseil d'enquête ou du rapporteur, le comparant et son défenseur peuvent prendre à nouveau la parole, le comparant s'exprimant en tout état de cause le dernier.
Le président invite alors le rapporteur, le comparant et son défenseur à se retirer. Il informe les membres du conseil d'enquête qu'ils sont tenus au secret des délibérations.

Au vu des observations écrites produites devant le conseil d'enquête et compte tenu, le cas échéant, des déclarations orales du comparant et des personnes entendues, le président met l'affaire en délibéré. Il pose les questions permettant au conseil de donner son avis sur les suites qui paraissent devoir être réservées à la procédure disciplinaire engagée.
Le cas échéant, le président du conseil peut décider de suspendre les délibérations et d'entendre à nouveau le comparant et son défenseur.
Le président peut également ordonner un complément d'enquête, dont il fixe le délai qui ne peut être supérieur à un mois, s'il estime que le conseil n'est pas suffisamment éclairé sur les circonstances dans lesquelles les faits se sont produits.
Le président du conseil d'enquête soumet au vote la proposition de sanction la plus sévère parmi celles qui ont été exprimées lors du délibéré. Si cette proposition ne recueille pas l'accord de la majorité des membres, le président met aux voix les autres sanctions figurant dans l'échelle des sanctions disciplinaires en commençant par la plus sévère, jusqu'à ce que l'une d'elles recueille un accord.
Dans l'hypothèse où la délibération ne permet pas de recueillir l'accord de la majorité des membres sur une proposition de sanction, le conseil est considéré comme ayant été consulté et ne s'étant prononcé en faveur d'aucune sanction.

Le président et les autres membres du conseil ne peuvent s'abstenir et doivent répondre par oui ou par non à chaque question posée. Le vote a lieu à bulletin secret. La majorité forme l'avis du conseil.
L'avis du conseil d'enquête, établi dès la fin de la séance, est signé par tous les membres du conseil et immédiatement envoyé, avec les pièces à l'appui, au ministre de la défense ou à l'autorité militaire habilitée par lui à prononcer la sanction.

Le conseil d'enquête est dissous de plein droit après avoir donné son avis sur l'affaire pour laquelle il a été réuni.

La décision prise à la suite de l'avis du conseil d'enquête est notifiée par écrit, avec l'avis émis par le conseil, au militaire en cause. Une copie de la décision est transmise au président du conseil.

Lorsque plusieurs militaires sont impliqués dans une même affaire, ils comparaissent devant un seul conseil d'enquête.

Ce conseil d'enquête comprend :

1° Trois officiers détenant tous un grade plus élevé que celui du comparant le plus élevé en grade, dont le président. Lorsqu'un au moins des comparants est un militaire de carrière, les trois officiers sont de carrière. Lorsque tous les comparants sont des militaires servant en vertu d'un contrat, au moins un des trois officiers sert en vertu d'un contrat ;

2° Pour chaque comparant, deux militaires de la même force armée ou formation rattachée, l'un de même grade et, sauf impossibilité, plus ancien dans ce grade, l'autre d'un grade supérieur, s'il en existe ou à défaut plus ancien dans le grade. Lorsque le comparant est un militaire de carrière, les deux militaires sont de carrière. Lorsque le comparant est un militaire servant en vertu d'un contrat, au moins un des deux militaires sert en vertu d'un contrat.

Le ministre de la défense désigne l'autorité chargée de constituer le conseil et d'établir les listes mentionnées à l'article R. 4137-74 conformément aux dispositions du présent article.

Ce conseil délibère et vote distinctement par comparant. Prennent part à chaque délibération et à chaque vote les membres du conseil mentionnés au 1° ci-dessus et les membres mentionnés au 2° pour la délibération et le vote relatifs au comparant au titre duquel ils ont été désignés.

Lorsque parmi les militaires impliqués figure un officier général, le conseil supérieur de force armée ou de formation rattachée siégeant disciplinairement est saisi. Dans cette éventualité, le conseil supérieur doit comprendre au moins un militaire du même grade et de la même force armée ou formation rattachée que chacun des comparants n'ayant pas le grade d'officier général.

L'envoi d'un aumônier militaire devant le conseil d'enquête est ordonné par le ministre de la défense.
L'ordre d'envoi mentionne les faits à l'origine de la saisine du conseil et précise les circonstances dans lesquelles ils se sont produits.
L'avis du conseil d'enquête doit être remis à l'autorité habilitée à prononcer la sanction dans les trois mois qui suivent la date d'émission de l'ordre d'envoi.

Le conseil d'enquête constitué en vue de donner un avis sur une faute ou un manquement commis par un aumônier militaire comprend :
1° Un officier général de la 1re section, président ;
2° Un officier supérieur de carrière ;
3° L'aumônier en chef du culte du comparant.
Les officiers de carrière sont désignés par le ministre de la défense et tirés au sort sur une liste de trois noms par siège.
Un officier de carrière, également désigné par le ministre de la défense, assure les fonctions de rapporteur.
Le comparant peut désigner un défenseur de son choix.
Les dispositions des articles R. 4137-77 à R. 4137-85 sont applicables.

Lorsque plusieurs aumôniers militaires sont impliqués dans une même affaire, ils comparaissent devant un seul conseil d'enquête. Ce conseil comprend au titre du 2° de l'article R. 4137-89 un officier supérieur de carrière par comparant. Cet officier est désigné par le ministre de la défense et tiré au sort sur une liste de trois noms par siège.
Si les aumôniers militaires sont d'un culte différent, le conseil d'enquête doit comprendre l'aumônier en chef du culte de chacun des comparants.
Le conseil délibère et vote distinctement par comparant. Les officiers supérieurs de carrière ne prennent part qu'à la délibération et au vote relatifs au comparant au titre duquel ils ont été désignés.L'aumônier en chef d'un culte ne prend part à la délibération et au vote qu'en ce qui concerne l'aumônier militaire de son culte. En cas d'égalité des votes, celui du président du conseil d'enquête est prépondérant.

Lorsque des aumôniers militaires sont impliqués dans une même affaire aux côtés de militaires relevant d'un autre statut particulier, ces militaires comparaissent devant un même conseil d'enquête dont la composition est fixée à l'article R. 4137-86. Le conseil comprend en outre pour chaque aumônier militaire comparant l'aumônier en chef du culte du comparant et un aumônier du même culte. La présidence du conseil est assurée par un officier général en première section.
Ce conseil délibère et vote distinctement par comparant. Prennent part à chaque délibération et à chaque vote les membres du conseil mentionnés au 1° de l'article R. 4137-86 et, selon le comparant, soit les deux militaires mentionnés au 2° du même article, soit les deux aumôniers mentionnés à l'alinéa précédent.

En cas d'absence illégale ou de désertion du militaire au cours de la procédure, celle-ci se poursuit en l'absence de l'intéressé. Mention est faite de l'absence illégale ou de l'état de désertion du militaire dans chaque document établi au cours de la procédure.
En cas d'absence illégale ou de désertion avant la procédure, une sanction disciplinaire du troisième groupe peut être prononcée sans que soit demandé l'avis d'un conseil d'enquête. Dans ce cas, la décision prononçant la sanction disciplinaire doit être précédée de l'envoi à la dernière adresse connue du militaire d'une mise en demeure, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, l'enjoignant de rejoindre sa formation administrative et lui indiquant les conséquences disciplinaires de son abandon de poste.