Les données relatives aux électeurs inscrits sur les listes électorales ainsi que celles relatives à l'expression du vote font l'objet, selon des modalités fixées par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre de l'intérieur, pris après avis de la Commission nationale de l'informatique et des libertés, de traitements automatisés d'information effectués sur des systèmes informatiques distincts dénommés "fichier des électeurs" et "contenu de l'urne électronique".
Le traitement "fichier des électeurs" est établi à partir des listes électorales dressées par la commission mentionnée à l'article L. 413-2. Le fichier des électeurs permet au préfet d'adresser à chaque électeur les instruments d'authentification mentionnés à l'article R. 413-11, d'identifier les électeurs ayant pris part au vote électronique et d'éditer la liste d'émargement. L'émargement indique l'heure du vote. Les listes d'émargement doivent être enregistrées sur un support distinct de celui de l'urne électronique, scellé, non réinscriptible, rendant son contenu inaltérable et probant.
Le fichier dénommé "contenu de l'urne électronique" recense les votes exprimés par voie électronique. Les données de ce fichier font l'objet d'un chiffrement et ne doivent pas comporter de lien permettant l'identification des électeurs.

Jusqu'à l'expiration des délais de recours contentieux, les fichiers supports comprenant la copie des programmes sources et des programmes exécutables, les matériels de vote, les fichiers d'émargement, de résultats et de sauvegarde doivent être conservés sous scellés sous le contrôle de la commission prévue à l'article L. 413-10. La procédure de décompte des votes enregistrés doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
A l'expiration des délais de recours, et si aucun recours n'a été exercé, il est procédé à la destruction des fichiers supports sous le contrôle de la commission prévue à l'article L. 413-10.