Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration se réunit à nouveau dans un délai de quinze jours et délibère valablement sur le même ordre du jour, quel que soit le nombre de ses membres présents.
Les délibérations du conseil d'administration sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur à la majorité absolue des membres en exercice du conseil. Ce règlement est approuvé par le ministre des affaires étrangères et le ministre chargé de la coopération.