Les ressources du Centre d'études et de recherches sur les qualifications comprennent notamment :
1° Les subventions allouées par l'Etat et les collectivités publiques pour le fonctionnement et l'investissement ;
2° Les versements des assujettis à la taxe d'apprentissage ;
3° Les contributions privées, les dons et legs ;
4° Les droits, redevances et produits de toute nature résultant de ses activités.

Les dépenses du Centre d'études et de recherches sur les qualifications comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement ainsi que, d'une manière générale, toutes celles qui sont nécessaires à l'activité de l'établissement.

L'agent comptable du Centre d'études et de recherches sur les qualifications est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation, du ministre chargé de l'emploi et du ministre chargé du budget.

Le Centre d'études et de recherches sur les qualifications est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées au Centre d'études et de recherches sur les qualifications, conformément au décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et régies d'avances des organismes publics.