Le commandant de bord est responsable de l'exécution de la mission. Dans les limites définies par les règlements et par les instructions des autorités compétentes et de l'exploitant, il choisit l'itinéraire, l'altitude de vol et détermine la répartition du chargement de l'aéronef.
Il peut différer ou suspendre le départ et, en cours de vol, changer éventuellement de destination chaque fois qu'il l'estime indispensable à la sécurité et sous réserve d'en rendre compte en fournissant les motifs de sa décision.