La commission siège au ministère chargé de l'agriculture et se réunit sur convocation du ministre chargé de l'agriculture.
Elle est présidée par l'un des représentants du ministre chargé de l'agriculture, membre de la commission.
Le secrétariat de la commission est assuré par un agent du ministère chargé de l'agriculture, non membre de la commission.

La commission ne peut valablement délibérer que si au moins cinq de ses membres dont un représentant des conseils d'administration des organismes de mutualité sociale agricole et un représentant des agents de direction ou des directeurs comptables et financiers assistent à la séance.
Elle émet son avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée ou à bulletin secret, à la demande d'un des membres. Chaque membre de la commission doit y prendre part. En cas de partage des voix, le président a voix prépondérante.
Les séances de la commission ne sont pas publiques.
Un procès-verbal est établi après chaque séance.

La commission est saisie soit par le ministre chargé de l'agriculture, soit par le président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré. Lorsque l'agent en cause est un directeur comptable et financier, la commission peut également être saisie par le ministre chargé du budget.
L'autorité qui saisit la commission doit indiquer les griefs formulés contre l'agent déféré qui ont motivé la saisine de la commission, dans un rapport circonstancié.
Lorsque la commission est saisie par le président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré, le document susvisé est adressé au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale, qui en assure, dans un délai de quinze jours, la transmission au secrétariat de la commission en y joignant son avis motivé ainsi qu'au directeur de l'organisme dont relève l'agent déféré, pour information.

En cas de suspension préalable de l'agent de direction ou du directeur comptable et financier, en application de l'article R. 123-52 du code de la sécurité sociale, la commission doit être saisie dans un délai de quinze jours à compter de la date de la décision de suspension.

L'agent déféré devant la commission est destinataire, aussitôt que l'action disciplinaire est engagée, du dossier transmis à la commission ainsi que de tous documents annexes.
L'agent mis en cause peut présenter devant la commission des observations écrites ou verbales, citer des témoins et se faire assister d'un défenseur de son choix : soit un avocat inscrit à un barreau, soit un membre de l'organisation syndicale à laquelle appartient l'agent, soit toute personne de son choix.
Le droit de citer des témoins appartient également à la commission et à l'organisme dont relève l'agent déféré devant la commission.
Le président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent mis en cause, ou son représentant, est entendu par la commission.
Lorsque l'agent déféré devant la commission est un directeur d'une caisse de mutualité sociale agricole, l'audition du directeur général de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole, ou de son représentant, est obligatoire. Lorsque l'agent déféré devant la commission est un directeur comptable et financier d'une caisse de mutualité sociale agricole, l'audition du directeur comptable et financier de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole, ou de son représentant, est obligatoire.
Lorsque l'agent déféré devant la commission est un agent de direction d'une caisse de mutualité sociale agricole autre que le directeur ou le directeur comptable et financier, l'audition du directeur, ou de son représentant, de l'organisme auquel appartient l'agent est obligatoire.
Lorsque l'agent déféré devant la commission est un agent de direction d'un organisme à compétence nationale autre que le directeur, l'audition du directeur de cet organisme, ou son représentant, auquel appartient l'agent mis en cause est obligatoire. Lorsque l'agent déféré devant la commission est un directeur comptable et financier d'un organisme à compétence nationale, l'audition du directeur comptable et financier de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole, ou son représentant, est obligatoire.
Les témoins et intervenants sont entendus par la commission en présence de l'agent mis en cause et du président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont il relève.

Si elle ne se juge pas suffisamment éclairée sur les faits reprochés à l'intéressé ou les circonstances dans lesquelles ces faits ont été commis, la commission a la faculté d'ordonner un complément d'instruction, et notamment prescrire une enquête, qui peut être confiée soit au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale, soit à un agent de l'inspection générale des affaires sociales ; si l'agent en cause est un directeur comptable et financier, l'enquête peut également être confiée au directeur départemental des finances publiques.

Au vu des observations écrites produites devant elle et compte tenu, le cas échéant, des déclarations verbales de l'intéressé et des témoins ainsi que des résultats de l'enquête à laquelle il a pu être procédé, la commission émet un avis motivé sur la sanction que lui paraissent devoir justifier les faits reprochés à l'intéressé. Cet avis est transmis à l'intéressé et au président du conseil d'administration ou du comité directeur de l'organisme dont relève l'agent en cause, ainsi qu'au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale.
Lorsque l'agent est le directeur ou le directeur comptable et financier d'une caisse de mutualité sociale agricole, l'avis est également transmis respectivement au directeur général ou au directeur comptable et financier de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole.
Lorsque l'agent est un agent de direction autre que le directeur ou le directeur comptable et financier d'une caisse de mutualité sociale agricole, l'avis est également transmis au directeur de la caisse de mutualité sociale agricole concernée.
Lorsque l'agent est un agent de direction d'un organisme national, l'avis est transmis au directeur général de cet organisme. Lorsque l'agent est un directeur comptable et financier d'un organisme à compétence nationale, l'avis est transmis au directeur comptable et financier de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole.

L'avis de la commission doit intervenir dans le délai d'un mois à compter du jour où elle a été saisie.
Ce délai est porté à trois mois lorsqu'il est procédé à une enquête.

Dans le délai d'un mois qui suit la date de réception par l'organisme intéressé de l'avis de la commission, le président du conseil d'administration ou du comité directeur doit communiquer au secrétariat de la commission et au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale la décision prise, le cas échéant, par le conseil d'administration.
Le président du conseil d'administration ou du comité directeur fait la même communication au directeur départemental des finances publiques si l'agent intéressé est un directeur comptable et financier.
Selon le cas, le chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale transmet copie de la décision au ministre chargé de l'agriculture ou lui signale la carence du conseil d'administration.