Lorsque le différend est traité par la voie de la médiation, le médiateur recherche l'accord des parties et le formalise. Il informe chacune des parties en indiquant la date à laquelle est intervenu l'accord ou le refus de rentrer en médiation.
Le médiateur peut déclarer la médiation terminée soit de sa propre initiative, soit à la demande de l'une des parties ou des deux. Il en informe les parties par un écrit qui indique la date de fin de la médiation.

En cas d'accord sur le principe d'une médiation, les états-majors, directions et services sollicités transmettent les éléments dont ils disposent dans un délai fixé par le médiateur militaire.

Durant toute la phase de médiation, le militaire peut se faire assister par un militaire en activité de son choix.

Lorsque les parties parviennent à un accord, le médiateur militaire le formalise par un écrit, qui comprend les signatures des parties et la sienne, et leur notifie.