Le directeur général des systèmes d'information et de communication est assisté par les commissions ministérielles spécialisées suivantes :
- la commission ministérielle technique des systèmes d'information et de communication, pour les questions d'ordre technique et méthodologique ;
- la commission ministérielle des fréquences de la défense, qui prend en compte les aspects opérationnels et techniques ;
- la commission ministérielle de la sécurité des systèmes d'information, pour ses missions liées à l'application des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information ;
- la commission ministérielle des enseignements en informatique et communications électroniques, pour les questions liées aux formations du personnel dans ces domaines.

Les commissions ministérielles spécialisées sont présidées par le directeur général des systèmes d'information et de communication, à l'exception de la commission ministérielle des fréquences de la défense qu'il copréside avec le chef d'état-major des armées ou son représentant.
Elles comprennent des représentants des membres du conseil des systèmes d'information et de communication de la défense et les responsables des états-majors, directions ou services concernés du ministère de la défense.
Elles se réunissent, au moins deux fois par an, sur convocation de leur(s) président(s), qui fixe(nt) l'ordre du jour des réunions, ou à la demande de l'un de leurs membres.
Le chef du contrôle général des armées est informé de la tenue et de l'ordre du jour des réunions. Il peut s'y faire représenter.
Les commissions peuvent entendre toute personne qualifiée sur un sujet donné en raison de sa compétence ou de ses fonctions et peuvent créer des instances ou groupes de travail spécialisés.
Pour l'application aux établissements publics sous tutelle des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information, des réunions spécifiques seront tenues en tant que de besoin.
La composition et le fonctionnement des commissions ministérielles spécialisées sont précisés par des instructions particulières du directeur général des systèmes d'information et de communication.

Ces commissions sont des instances de concertation, de proposition et de retour d'expérience. Par les échanges d'information dont elles sont le cadre, elles contribuent à l'adaptation des actions de la direction générale des systèmes d'information et de communication en fonction de l'évolution des besoins des utilisateurs, des techniques ou des contraintes internes ou externes ; elles complètent, à destination des organismes représentés, la communication de la direction générale des systèmes d'information et de communication sur les différents aspects de la politique des systèmes d'information et de communication.