Le directeur général des systèmes d'information et de communication est assisté par les commissions ministérielles spécialisées suivantes :

• la commission ministérielle technique des systèmes d'information et de communication, pour les questions d'ordre technique et méthodologique ;
• la commission ministérielle des fréquences de la défense, qui prend en compte les aspects opérationnels et techniques ;
• la commission ministérielle de la sécurité des systèmes d'information, pour ses missions liées à l'application des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information ;
• la commission ministérielle des enseignements en informatique et communications électroniques, pour les questions liées aux formations du personnel dans ces domaines.