Lorsque l'autorisation concerne l'élaboration, la détention, le transfert ou l'utilisation de matières nucléaires, l'opérateur décrit dans la demande d'autorisation le périmètre géographique du lieu dans lequel il souhaite exercer une ou plusieurs activités soumises à autorisation, et au sein duquel sont appréciés les seuils définis à l'article R. 1333-8 du code de la défense. Ce périmètre est appelé périmètre d'autorisation.
Ce périmètre contient l'ensemble des matières nucléaires présentes ou mises en œuvre, susceptibles du fait de leur proximité d'être les cibles d'une même opération malveillante et pouvant être protégées par un système de sécurité nucléaire commun, y compris celles mises en œuvre par des entités nucléaires hébergées.
L'autorisation est donnée pour une ou plusieurs des activités énumérées à l'article L. 1333-2 du code de la défense, pour l'ensemble des matières présentes ou mises en œuvre, y compris dans les entités nucléaires hébergées.

La demande d'autorisation est accompagnée d'un dossier constitué conformément :

- à l'annexe 1 pour les activités de détention, d'utilisation, de fabrication et de transfert de matières nucléaires ;
- à l'annexe 2 pour les activités d'importation ou d'exportation de matières nucléaires.

Elle est protégée conformément aux dispositions prévues au chapitre 6 du titre 3.
Elle est adressée en deux exemplaires au ministre compétent.

Les délais d'instruction de la demande, prévus au III de l'article R. 1333-4 du code de la défense, courent à partir de la réception de la demande par le ministre compétent, qui en accuse la réception.
Lorsque l'instruction fait apparaître que le dossier n'est pas complet ou régulier, ou ne comporte pas les éléments suffisants pour en poursuivre l'examen, le ministre invite le demandeur à compléter ou régulariser le dossier dans des délais qu'il fixe. Dans ce cas les délais sont suspendus.
Notamment lorsque la complexité du projet le justifie, le demandeur peut proposer au ministre compétent, dans sa demande, de lui fournir les informations mentionnées à l'article 88 de manière échelonnée, selon un échéancier qu'il précise.
Les délais courent à compter de la date de validation par le ministre de l'échéancier proposé. Si l'échéancier n'est pas respecté, les délais sont suspendus.

L'autorisation est prise par arrêté ministériel. Ce dernier fixe les conditions d'exercice de l'activité autorisée, dont la modification nécessite l'application de la procédure prévue à l'article 94. Il fixe notamment sa durée, qui n'excède pas dix ans, et la date limite de demande d'un éventuel renouvellement. Il précise également si l'activité est concernée par l'article 91. Il précise, enfin, l'état récapitulatif du référentiel d'autorisation. Ce référentiel comprend le cas échéant les aménagements accordés, dans les conditions précisées à l'article 101.

Lorsque, en application de l'article R. 1333-5 du code de la défense, le ministre considère que l'autorisation est interdépendante d'autres autorisations, il précise dans chacun des arrêtés d'autorisation ou leurs référentiels d'autorisation les autorisations concernées et leurs titulaires.
Lorsque des moyens sont mutualisés entre plusieurs opérateurs pour assurer la sécurité nucléaire, ou lorsque l'autorisation est interdépendante, les opérateurs respectent les prescriptions précisées à l'article 31.