L'Ecole d'administration des affaires maritimes (EAAM) a pour mission de donner aux élèves administrateurs et aux administrateurs des affaires maritimes stagiaires, préalablement à leur recrutement dans le corps des administrateurs des affaires maritimes, la formation administrative, professionnelle et militaire nécessaire à l'exercice de leurs fonctions.
Elle est chargée d'organiser pour les administrateurs des affaires maritimes, en cours de carrière, des sessions ou cycles d'études, notamment dans le cadre de l'enseignement militaire supérieur.

L'école est commandée par un officier supérieur du corps des administrateurs des affaires maritimes.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Il arrête le règlement intérieur de l'école.
Il fixe le contenu et le calendrier des différents cycles annuels de formation conformément au référentiel de formation.
Il détermine le régime des permissions dans le cadre des cycles annuels de formation.

L'enseignement est assuré par les personnels chargés d'enseignement de l'école ou par des intervenants extérieurs.
Il donne lieu à des stages et à des embarquements.
L'enseignement peut également être assuré dans d'autres établissements d'enseignement dans le cadre de conventions.

La scolarité des élèves administrateurs et la formation des administrateurs stagiaires des affaires maritimes ont pour objectif de leur donner l'instruction militaire, nautique, technique, administrative et opérationnelle nécessaire à l'exercice de leurs fonctions de conception, d'expertise, de direction ou d'encadrement dans les domaines et les services mentionnés à l'article 1er du décret n° 2012-1546 du 28 décembre 2012 susvisé.

Une instruction conjointe de l'inspecteur général des affaires maritimes et du directeur en charge des affaires maritimes fixe le référentiel de la formation, le déroulement et les objectifs de la scolarité des élèves administrateurs, de la formation des élèves administrateurs stagiaires et des élèves inscrits au tableau de classement de sortie de l'Ecole polytechnique. Elle définit également les conditions d'organisation des examens et les coefficients qui leur sont attribués.

Au cours des périodes d'enseignement, des stages ou des embarquements, les élèves administrateurs, les administrateurs stagiaires et les élèves inscrits au tableau de classement de l'Ecole polytechnique sont placés sous l'autorité du chef d'établissement ou du chef de service ou du capitaine du navire sur lequel ils sont embarqués ou placés.

Le commandant de l'Ecole d'administration des affaires maritimes est assisté par un conseil de perfectionnement, consulté notamment sur les programmes d'admission, sur toute question relative à la formation ou à l'évaluation des administrateurs des affaires maritimes ainsi que sur le choix et la mise en œuvre des méthodes pédagogiques.

Le conseil de perfectionnement est présidé par l'inspecteur général des affaires maritimes.
Outre son président, le conseil de perfectionnement est composé de :
1° Le directeur en charge des affaires maritimes ou son représentant ;
2° Le directeur en charge des pêches maritimes ou son représentant ;
3° Le directeur en charge de l'eau et de la biodiversité ou son représentant ;
4° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
5° Le directeur interrégional de la mer pour la façade nord Atlantique, Manche ouest ou son représentant ;
6° Le commandant de l'école navale ou son représentant ;
7° Le directeur départemental des territoires et de la mer de la Loire-Atlantique ou son représentant ;
8° Le directeur départemental adjoint des territoires et de la mer, délégué pour la mer et le littoral de la Vendée ;
9° Le chef du département de droit public et des sciences politiques de l'université de Nantes ;
10° Deux personnalités qualifiées du secteur maritime ;
11° Deux administrateurs des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de dix ans ;
12° Un représentant des élèves administrateurs et un représentant des administrateurs stagiaires.

Les membres mentionnés aux 10° et 11° de l'article 8 sont nommés par décision de l'inspecteur général des affaires maritimes pour une durée de trois ans.
Le représentant des élèves administrateurs et le représentant des administrateurs stagiaires sont désignés selon des modalités arrêtées par le règlement intérieur de l'école.

Le conseil de perfectionnement se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
Les avis sont émis après délibérations du conseil de perfectionnement, pris à la majorité des membres présents ou représentés.
Le secrétariat est assuré par un cadre de l'école.