La scolarité des élèves administrateurs mentionnée à l'article 13 du décret n° 2012-1546 du 28 décembre 2012 susvisé est organisée suivant deux cycles d'une année chacun.
Le premier cycle a pour but de former les élèves à leur état d'officier, d'administrateur et de marin. Il est commun à l'ensemble des élèves administrateurs et est consacré à l'acquisition d'un ensemble de compétences définies dans le référentiel de formation des administrateurs des affaires maritimes. Il est effectué à l'EAAM et à l'occasion de stages, d'embarquements et de travaux individuels décrits par le référentiel de formation.
Le deuxième cycle a pour but de dispenser une formation liée à la spécialité de l'emploi des administrateurs. Il est organisé selon trois spécialités d'emploi :
― « administration générale et fonctions opérationnelles » ;
― « prévention des risques, sécurité et sûreté des navires » ;
― « enseignement supérieur maritime ».
Il est effectué à l'EAAM et à l'occasion de stages, d'embarquements et de travaux individuels décrits par le référentiel de formation. Il comporte, pour les deux premières spécialités, un stage embarqué effectué lors de la campagne d'application des officiers de marine (mission « Jeanne d'Arc ») et, pour la spécialité « enseignement supérieur maritime », un stage à l'Ecole nationale supérieure maritime.

Pour être admis au second cycle de formation, les élèves doivent avoir obtenu une moyenne générale de 10 sur 20 et les certificats professionnels définis par l'instruction visée à l'article 5.
L'orientation dans la spécialité de l'emploi est arrêtée par l'inspecteur général des affaires maritimes en fonction des résultats obtenus et des possibilités d'emploi.
En cas de résultats insuffisants, une mesure de redoublement peut être prononcée par le ministre chargé de la mer après avis du conseil d'instruction.