Compte tenu des engagements de l'Etat pour des services publics écoresponsables, la voie ferroviaire doit être systématiquement privilégiée par rapport à la voie aérienne.
Toutefois, le recours à la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque le temps de trajet par voie ferroviaire est supérieur à 4 heures pour un aller simple dans la même journée et 6 heures pour un aller et retour dans la journée ou lorsque les conditions tarifaires le justifient.

Les transports doivent être effectués en 2e classe pour les trajets par voie ferroviaire, sauf lorsque les conditions tarifaires peuvent justifier le recours à la 1re classe. Il est également autorisé à l'appui d'un certificat administratif, par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque la durée des trajets effectués au cours de la même journée est supérieure à cinq heures ou lorsque les conditions de la mission le justifient.

Lorsque l'accès à un train est soumis au paiement d'un supplément de prix, le remboursement de ce supplément est autorisé, sur présentation des pièces justificatives.

Le remboursement de la couchette ou du wagon-lit est exclusif de l'indemnité de nuitée.

Les trajets par voie aérienne doivent être effectués en classe économique. Le recours à la classe supérieure doit rester exceptionnel. Il ne peut être autorisé que par le directeur de la structure ou le chef de service lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours ou lorsque les conditions tarifaires le justifient.
Les agents suivants peuvent être autorisés, en raison des sujétions de service, à voyager en classe supérieure pour les voyages dont le temps de vol est supérieur à quatre heures :

- les membres des cabinets ministériels ;
- le (la) secrétaire général(e) des ministères chargés des affaires sociales ;
- les directeurs(trices) et les directeurs(trices) adjoint(e)s d'administration centrale ;
- les délégué(e)s et les délégué(e)s adjoint(e)s.

Le temps passé à bord des avions n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du voyage ne comprend pas la fourniture du repas. Dans ce cas, le justificatif de la dépense devra être fourni dans les conditions définies à l'article 6.
Aucun remboursement n'est accordé à l'agent en déplacement temporaire au titre des bagages personnels transportés en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'agent qui accomplit une mission nécessitant la consultation d'une importante documentation technique peut obtenir, après accord préalable et sur justification du directeur ou du chef de service, le remboursement du coût des bagages transportés par la voie aérienne en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'utilisation des avions-taxis est interdite.

Le recours à la classe supérieure pour la voie maritime est autorisé par le directeur de la structure ou le chef de service lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier.
Le temps passé à bord des bateaux n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du voyage ne comprend pas la fourniture du repas.
Dans ce cas, le justificatif de la dépense devra être fourni dans les conditions définies à l'article 6.

L'agent en mission peut utiliser son véhicule terrestre à moteur pour les besoins du service sur autorisation du directeur de la structure ou du chef de service, notamment en cas d'indisponibilité d'un véhicule de service.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie ou un gain de temps appréciables, ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transports en commun, soit pour des raisons impérieuses de service.
L'agent en mission est indemnisé de ses frais de transport sur la base des indemnités kilométriques correspondant au trajet le plus court, ainsi que des frais de péage et de stationnement dans la limite de 72 heures.

Lorsqu'un agent en mission est astreint, par ses fonctions, à de fréquents déplacements, le ministère prend en charge le coût d'un titre d'abonnement dans la mesure où il en résulte une économie par rapport à la procédure habituelle de prise en charge.
L'agent doit alors en faire état lors de la préparation de la mission.

Lorsque l'agent en mission se déplace sur le territoire de sa commune de résidence administrative, de la commune où s'effectue le déplacement temporaire ou de sa commune de résidence familiale, ses frais de transport peuvent être pris en charge sur décision de l'autorité administrative lorsque la commune considérée est dotée d'un service régulier de transport public de voyageurs.
Cette prise en charge est effectuée dans la limite du tarif ou, pour l'agent qui se déplace fréquemment, de l'abonnement le moins onéreux du transport en commun le mieux adapté au déplacement, le justificatif de la dépense devra être fourni dans les conditions définies à l'article 6.

Les déplacements doivent être effectués en transport en commun.
Toutefois, à titre dérogatoire, l'utilisation du taxi ou d'un véhicule de transport avec chauffeur agréé (VTC) peut être autorisée soit entre 20 heures et 8 heures, soit en dehors de ces plages horaires lorsque les conditions de la mission le justifient.
Dans ce dernier cas, un certificat administratif donnant les raisons pour lesquelles le recours au taxi ou au VTC a été autorisé, signé par le directeur de la structure ou le chef de service, devra être fourni.
Le remboursement des frais de taxi s'effectue dans les conditions définies à l'article 6 et sur la base des frais réellement exposés.
En cas de recours au taxi, dans des conditions qui ne le justifient pas, l'agent en mission sera remboursé sur la base du tarif le moins cher des transports en commun.

Le remboursement des frais de transport en autocar, navette ou tout autre moyen de transport collectif comparable peut être effectué dans les conditions définies à l'article 6 et sur la base des frais réellement exposés.

Lorsque l'agent en mission a utilisé un moyen de transport différent de ceux prévus aux articles 12, 15 et 16 du présent arrêté, y compris par le biais de la location, il est remboursé des frais occasionnés sur autorisation du directeur de la structure ou du chef de service, quand l'intérêt du service le justifie, et que ces frais n'ont pas été pris en charge, par ailleurs.
Le remboursement de ces frais s'effectue dans les conditions définies à l'article 6 et sur la base des frais réellement exposés.

Des avances sur le paiement des indemnités et les remboursements de frais peuvent être consenties à l'agent en mission qui en fait la demande. Elles ne peuvent excéder :

- 100 % des sommes présumées dues à la fin du déplacement ou en fin de mois suivant le cas, pour les déplacements à l'étranger ;
- 75 % des sommes présumées dues à la fin du déplacement ou en fin de mois, suivant le cas, pour les déplacements en France métropolitaine et en Outre-mer.

Toutefois, la demande d'avance ne peut être effectuée que pour des frais prévisionnels d'un montant supérieur à cinquante euros pour un même déplacement.
La régularisation de l'avance versée est subordonnée à la production des justificatifs indiquant le mode de paiement de l'hébergement et, le cas échéant, des frais divers dans les conditions définies à l'article 6.
La perte des justificatifs ou leur non-présentation entraîne le reversement de l'avance perçue.