Le secrétariat général des commissions professionnelles consultatives est assuré par le bureau chargé des diplômes professionnels de la direction générale de l'enseignement scolaire. Il coordonne les travaux des diverses commissions et des sous-commissions et rédige le compte rendu de leurs réunions.

Il organise les réunions des groupes d'experts prévus à l'article 4, qu'il anime en lien avec l'inspection générale de l'éducation nationale.