Les commissions consultatives paritaires sont présidées par le directeur des ressources humaines ou, en cas d'empêchement, par son représentant, membre de la commission consultative paritaire.

Chaque commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur.
Le secrétariat des commissions est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de ces commissions.
Un représentant du personnel est désigné par chaque commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission.

Chaque commission consultative paritaire se réunit au moins une fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances des commissions. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président d'une commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Les commissions consultatives paritaires sont saisies par leur président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants du personnel de toutes questions entrant dans leurs compétences.
Elles émettent leurs avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires d'une commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque la direction des ressources humaines prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par une commission, cette autorité doit informer cette commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances des commissions consultatives paritaires ne sont pas publiques.

Les commissions siègent en formation restreinte en matière disciplinaire. Dans les autres cas, elles siègent en assemblée plénière.
Lorsqu'une commission siège en matière disciplinaire, seuls les représentants du personnel occupant un emploi de niveau hiérarchique au moins équivalent à celui de l'agent dont le dossier est examiné, ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration, sont appelés à délibérer. Cette équivalence est appréciée en référence au niveau hiérarchique des fonctionnaires affectés à des tâches similaires, suivant les catégories statutaires usuelles.

Lorsqu'une commission évoque la situation d'un représentant du personnel siégeant en tant que titulaire, il est fait appel au premier représentant suppléant ou, à défaut, à un autre représentant suppléant appartenant à la même liste.
Dans le cas où une commission est appelée à examiner la situation de tous les représentants, titulaires et suppléants, de cette commission ou si aucun représentant ne peut valablement siéger, il est fait application de la procédure de tirage au sort.

Toutes facilités doivent être données aux membres des commissions consultatives paritaires par l'administration pour leur permettre de remplir leurs attributions.
En outre, communication doit leur être donnée de toutes les pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission, huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel et aux experts pour leur permettre de participer aux réunions des commissions sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux des commissions.
Les membres des commissions et les experts sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

Les commissions ne délibèrent valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté et par leur règlement intérieur prévus à l'article 28 du présent arrêté.
En outre, les trois quarts au moins de leurs membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres de la commission qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.

Les membres des commissions ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans ces instances. Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.