Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel établit un programme de contrôle a posteriori et d'analyse de circuits et procédures sur la base d'une analyse des risques qu'il a identifiés soit dans l'exercice de ses missions, soit lors des travaux de contrôle interne financier ou dans les conclusions d'audits ou des informations transmises par le centre de gestion financière. Les risques identifiés peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire ou sur la soutenabilité de la programmation et de son exécution. Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut proposer au contrôleur d'un organisme d'être associé à un contrôle a posteriori ou à une analyse de circuits et procédures.

Le contrôleur budgétaire peut contrôler a posteriori des actes soumis ou non à visa ou à avis préalable, en application des articles 101 et 104 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.
Le contrôle budgétaire et comptable ministériel exerce ce contrôle sur les actes des services centraux des ministères. Il peut également exercer, en lien avec les contrôleurs budgétaires des services déconcentrés de l'Etat, le contrôle a posteriori des actes émis par un ordonnateur secondaire ou une autorité administrative déconcentrée.
Le contrôleur budgétaire des services déconcentrés exerce le contrôle a posteriori des actes émis par un ordonnateur secondaire ou une autorité administrative déconcentrée.
Le contrôleur budgétaire doit informer le responsable de budget opérationnel de programme concerné par le contrôle a posteriori et préciser les documents demandés. Le responsable de budget opérationnel de programme est tenu de communiquer tous les documents nécessaires au bon accomplissement de ce contrôle au plus tard dans un délai d'un mois. Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôle sont transmises au responsable de budget opérationnel de programme concerné. Celui-ci indique les mesures qu'il entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés ou corriger les erreurs ou omissions signalées.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut analyser les circuits et procédures de dépenses des ordonnateurs en lien, le cas échéant, avec les contrôleurs budgétaires des services déconcentrés. Le contrôleur budgétaire arrête le déroulement des travaux en concertation avec le responsable de programme et le responsable de la fonction financière ministérielle. Les conclusions de cette analyse leur sont transmises. Ceux-ci indiquent dans leur réponse écrite les mesures qu'ils entendent mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.