Un protocole peut être établi par le responsable de la fonction financière ministérielle et le contrôleur budgétaire et comptable ministériel pour préciser les modalités pratiques d'application du présent arrêté dont les effets s'appliquent sans limitation de durée.
Pour chaque nouvel exercice budgétaire, le contrôleur budgétaire et comptable ministériel établit dans une note les modalités pratiques d'application du présent arrêté propres à l'exécution de cet exercice budgétaire. Cette note peut être établie conjointement avec le responsable de la fonction financière ministérielle.