L'agrément sanitaire des établissements intermédiaires de catégories 1, 2 et 3, des établissements d'entreposage, des usines de transformation de catégories 1, 2 et 3, des usines de production d'aliments pour animaux familiers, des usines de produits techniques, des usines de compostage et des usines de production de biogaz, tels que visés par le règlement (CE) n° 1774/2002 susvisé, est délivré par le préfet du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires.

Les établissements et usines agréés sont identifiés par le directeur départemental des services vétérinaires.
Le numéro d'identification est composé dans l'ordre :
- du numéro de codification du département ;
- du numéro de codification de la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, de l'arrondissement ;
- et du numéro d'ordre de l'établissement intermédiaire, de l'usine de transformation ou du centre de collecte, dans la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, dans l'arrondissement.

Pour solliciter l'agrément sanitaire, le responsable de l'établissement ou de l'usine adresse au préfet (directeur départemental des services vétérinaires) une demande d'agrément comportant les indications ou documents suivants :
- pour les personnes physiques : l'identité et le domicile du demandeur ;
- pour les personnes morales : la raison sociale, le siège social, la qualité du signataire et l'identité du responsable de la société ou du groupement ;
- les activités menées ;
- les catégories de matières détenues, manipulées et/ou transformées ;
- un plan de situation à l'échelle de 1/1 000 de l'établissement ou de l'usine, ses délimitations, ainsi que son circuit d'évacuation des eaux résiduaires ;
- un plan d'ensemble à l'échelle de 1/100 à 1/300 selon la taille des locaux, indiquant la disposition des locaux de travail et des locaux à usage personnel ;
- la description détaillée des locaux affectés à la réception, à l'entreposage, à la manipulation et à la transformation des matières, à l'entreposage et à l'expédition des produits transformés ;
- la description de l'équipement et du matériel ;
- la description du fonctionnement, dont notamment les circuits des matières et, le cas échéant, des produits transformés, ainsi que les procédés utilisés ;
- la capacité de stockage des matières et, le cas échéant, des produits transformés, ainsi que leur tonnage produit quotidiennement ;
- le plan de nettoyage et de désinfection des installations, des équipements, du matériel et des véhicules ;
- le plan de lutte contre les nuisibles ;
- le plan de formation du personnel ;
- le dispositif de maîtrise des risques sanitaires, fondé sur l'analyse des points critiques.

L'agrément est accordé si la conformité aux conditions sanitaires d'installation, d'équipements et de fonctionnement fixées par le règlement (CE) n° 1774/2002 susvisé et, le cas échéant, par la réglementation nationale a été constatée par le directeur départemental des services vétérinaires ou son représentant.
S'il s'agit d'un nouvel établissement ou usine, ou d'une nouvelle activité, et que l'inspection n'a pas permis d'apprécier les conditions de fonctionnement dans des conditions normales d'activité, l'agrément est accordé à titre provisoire pour une période de trois mois. L'agrément provisoire ne peut cependant être accordé que si l'ensemble des pièces visées à l'article 3 a été jugé recevable.
A l'issue de cette période probatoire, si les conditions sanitaires de fonctionnement sont satisfaisantes, l'agrément sanitaire est confirmé. Dans le cas contraire, l'agrément provisoire peut être soit prolongé pour une période de trois mois renouvelable, soit retiré.

L'agrément sanitaire précise les matières et les activités pour lesquelles il est accordé. Il est fait référence au texte communautaire et, le cas échéant, au texte national réglementant les conditions sanitaires auxquelles est soumise chacune des activités. Pour chacun des établissements ou usines devant être agréé au titre du règlement (CE) n° 1774/2002 susvisé, il est précisé l'article dudit règlement sur lequel se fonde la délivrance de l'agrément.
Lors de la délivrance de l'agrément, un numéro est attribué, comme précisé à l'article 4.
Une copie de l'agrément est adressée à la direction générale de l'alimentation.

Le responsable d'un établissement ou d'une usine agréés est tenu d'informer le préfet (directeur départemental des services vétérinaires) de toute modification d'activité ou de fonctionnement, ou de toute autre modification dans l'installation des locaux, leur aménagement, leur gros équipement, ou leur affectation.
Toute activité nouvelle, relevant du règlement (CE) n° 1774/2002 susvisé, dans un établissement ou une usine préalablement agréés est soumise à nouvelle procédure d'agrément.

Lorsque le titulaire d'un agrément ne respecte pas les conditions prévues par le règlement (CE) n° 1774/2002 et, le cas échéant, par la réglementation nationale, il est mis en demeure par le préfet de s'y conformer dans un délai déterminé. A l'issue de ce délai, le préfet peut suspendre ou retirer l'agrément.
En cas de réitération du non-respect des conditions prévues par la réglementation sanitaire ou en cas de risque grave pour la santé publique ou la santé animale, le préfet peut suspendre ou retirer l'agrément sans mise en demeure.

La liste des établissements et usines agréés, à l'exception de ceux qui bénéficient d'un agrément provisoire, est publiée au Journal officiel de la République française. Cette liste précise les activités et les catégories de matières pour lesquelles est attribué l'agrément.
Les suspensions et les retraits d'agrément font l'objet d'une publication dans les mêmes conditions.

Les responsables d'établissement intermédiaire, exerçant antérieurement à la date d'entrée en vigueur du présent arrêté, transmettent leur dossier de demande d'agrément dans les deux mois suivant la date de parution au Journal officiel de la République française.
Les responsables d'établissement d'entreposage, d'usine de transformation et d'usine de production d'aliments pour animaux familiers, exerçant antérieurement à la date d'entrée en vigueur du présent arrêté, transmettent leur dossier de demande d'agrément dans les quatre mois suivant la date de parution du présent arrêté au Journal officiel de la République française.
Les responsables d'usine de produits techniques, d'usine de compostage et d'usine de production de biogaz, exerçant antérieurement à la date d'entrée en vigueur du présent arrêté, transmettent leur dossier de demande d'agrément dans les six mois suivant la date de parution du présent arrêté au Journal officiel de la République française.